Hacktoberfest 2026: los issues que los mantenedores marcaron para octubre, abiertos y aptos para principiantes. Explorar issues de Hacktoberfest

nf-core/methylseq

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Methylation (Bisulfite-Sequencing) analysis pipeline using Bismark/bwa-meth + MethylDackel or bwa-mem + rastair

¿Es nf-core/methylseq apto para principiantes?

Hemos visto muy pocos pull requests recientes de colaboradores externos en nf-core/methylseq para saber con qué frecuencia se fusionan. Ahora mismo hay 3 issues aptos para principiantes abiertos.

Estrellas
201
Forks
182
Issues abiertos para principiantes
3
Issues indexados
29
Merge medio
45 min
PR fusionados (30 d)
1
Lenguaje dominante
Nextflow
Licencia
MIT
Último push a GitHub
7/10/2026
Última indexación
19/9/2026
Guía de contribución
Código de conducta
Etiquetas para principiantes
Sin etiquetas para principiantes indexadas

Cómo contribuir a nf-core/methylseq

  1. Lee primero la guía de contribución: explica cómo quieren los mantenedores que se propongan, prueben y revisen los cambios.
  2. El proyecto incluye un dev container: ábrelo en Codespaces para tener un entorno que funciona en tu navegador.
  3. Lee su código de conducta: se aplica a los issues y pull requests igual que al chat.
  4. Elige uno de los 3 issues abiertos aptos para principiantes de abajo y comenta que quieres trabajar en él antes de empezar.
Para principiantes Todo
Abierto Todos

Las issues en las que quizá ya trabaja alguien aparecen al final. Ordenar todo por fecha

  • bwa-mem3 support
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

    nf-core/methylseq#630 ·

  • Add UMI support
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

    nf-core/methylseq#629 ·

  • Add 5-bases Illumina kit support
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

    nf-core/methylseq#619 · 1 reacción ·

  • Adopt combined-index Bismark alignment modes / rethink the --multicore default (Bismark 3.1.0)
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/methylseq#615 · 3 comentarios ·

  • Calling variants with rastair in the TAPS branch
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    nf-core/methylseq#611 · 3 comentarios · 1 asignado ·

  • bwameth symlink bug
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

    nf-core/methylseq#608 · 6 comentarios ·

  • --igenomes_base could not validate file format
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/methylseq#605 ·

  • Add sample methylation summary for the Methyldackel workflow
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

    nf-core/methylseq#601 ·

  • speed issues
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

    nf-core/methylseq#600 ·

  • Bismark alignment failure (0% mapping) caused by Bowtie2 2.5.5 regression with EM-seq paired-end parameters
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 58/100

    nf-core/methylseq#599 ·

  • bwa-mem aligner not using GPU
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/methylseq#597 ·

  • `PICARD_COLLECTHSMETRICS` process is skipped due to empty input channel
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

    nf-core/methylseq#596 ·

  • Option --unmapped does not run Bismark with --unmapped argument
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

    nf-core/methylseq#595 ·

  • Resume function is re-doing alignments instead of resuming at methylation calls
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

    nf-core/methylseq#594 · 2 comentarios ·

  • Inconsistent explanations about "--zymo" in methylseq v4.2.0 documentation
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

    nf-core/methylseq#591 · 1 comentario · 1 reacción ·

  • Workflow exits after TrimGalore with “successful” status but no alignments produced
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

    nf-core/methylseq#589 · 9 comentarios ·

  • conflicting advice in usage document
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

    nf-core/methylseq#588 · 1 comentario ·

  • [bug] - samplesheet schema for genome field too strict
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 68/100

    nf-core/methylseq#587 ·

  • Support multiple bed files for targeted sequencing analysis
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/methylseq#573 ·

  • Running in `-stub` mode fails for BISMARK_SUMMARY
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 38/100

    nf-core/methylseq#527 · 1 comentario ·

  • Bismark soft clip --local_alignment True keeps L,value,value
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/methylseq#472 · 1 comentario ·

  • Add minimap2 as aligner option for Bismark
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/methylseq#455 ·

  • Specify additional "genomes" of spike-in controls for downstream calculation of bisulfite conversion efficiency
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    nf-core/methylseq#394 · 7 comentarios · 2 reacciones · 1 asignado ·

  • Support for NuGEN Ovation RRBS
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    stale

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/methylseq#376 · 2 comentarios ·

  • Add `rastair`
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    nf-core/methylseq#374 · 1 comentario · 1 asignado ·

  • Mapping samples to multiple reference fasta
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    dsl2 enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/methylseq#181 · 15 comentarios · 1 reacción ·

  • Complexity curve
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    question stale

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

    nf-core/methylseq#96 · 5 comentarios ·

  • Add SNP calling
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

    nf-core/methylseq#65 · 6 comentarios ·

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