Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

nf-core/methylseq

Đăng nhập để theo dõi Xem trên GitHub

Methylation (Bisulfite-Sequencing) analysis pipeline using Bismark/bwa-meth + MethylDackel or bwa-mem + rastair

nf-core/methylseq có thân thiện với người mới không?

Gần đây có quá ít pull request của người đóng góp bên ngoài gửi tới nf-core/methylseq để nói chúng được merge thường xuyên đến đâu. Hiện có 3 issue phù hợp với người mới đang mở.

Star
201
Fork
182
Issue cho người mới đang mở
3
Issue đã lập chỉ mục
28
Merge trung bình
45 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1
Ngôn ngữ chính
Nextflow
Giấy phép
MIT
Lần push lên GitHub gần nhất
7/10/2026
Lập chỉ mục gần nhất
19/9/2026
Hướng dẫn đóng góp
Quy tắc ứng xử
Label cho người mới
Chưa lập chỉ mục label nào cho người mới

Cách đóng góp cho nf-core/methylseq

  1. Hãy đọc hướng dẫn đóng góp trước: nó cho biết maintainer muốn thay đổi được đề xuất, kiểm thử và review ra sao.
  2. Dự án có sẵn dev container: mở trong Codespaces để có ngay môi trường chạy được trong trình duyệt.
  3. Hãy đọc quy tắc ứng xử: nó áp dụng cho issue và pull request cũng như trò chuyện.
  4. Chọn một trong 3 issue phù hợp với người mới đang mở bên dưới và bình luận rằng bạn muốn làm nó trước khi bắt đầu.
Phù hợp cho người mới Tất cả
Đang mở Tất cả

Các issue có thể đã có người làm được xếp cuối danh sách. Sắp xếp tất cả theo ngày

  • bwa-mem3 support
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    nf-core/methylseq#630 ·

  • Add UMI support
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 15/100

    nf-core/methylseq#629 ·

  • Add 5-bases Illumina kit support
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

    nf-core/methylseq#619 · 1 reaction ·

  • Adopt combined-index Bismark alignment modes / rethink the --multicore default (Bismark 3.1.0)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/methylseq#615 · 3 bình luận ·

  • Calling variants with rastair in the TAPS branch
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    nf-core/methylseq#611 · 3 bình luận · 1 người được giao ·

  • bwameth symlink bug
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100

    nf-core/methylseq#608 · 6 bình luận ·

  • --igenomes_base could not validate file format
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/methylseq#605 ·

  • Add sample methylation summary for the Methyldackel workflow
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/methylseq#601 ·

  • speed issues
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

    nf-core/methylseq#600 ·

  • Bismark alignment failure (0% mapping) caused by Bowtie2 2.5.5 regression with EM-seq paired-end parameters
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 58/100

    nf-core/methylseq#599 ·

  • bwa-mem aligner not using GPU
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/methylseq#597 ·

  • `PICARD_COLLECTHSMETRICS` process is skipped due to empty input channel
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

    nf-core/methylseq#596 ·

  • Option --unmapped does not run Bismark with --unmapped argument
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/methylseq#595 ·

  • Resume function is re-doing alignments instead of resuming at methylation calls
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100

    nf-core/methylseq#594 · 2 bình luận ·

  • Inconsistent explanations about "--zymo" in methylseq v4.2.0 documentation
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100

    nf-core/methylseq#591 · 1 bình luận · 1 reaction ·

  • Workflow exits after TrimGalore with “successful” status but no alignments produced
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/methylseq#589 · 9 bình luận ·

  • conflicting advice in usage document
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/methylseq#588 · 1 bình luận ·

  • [bug] - samplesheet schema for genome field too strict
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 68/100

    nf-core/methylseq#587 ·

  • Support multiple bed files for targeted sequencing analysis
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/methylseq#573 ·

  • Running in `-stub` mode fails for BISMARK_SUMMARY
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 38/100

    nf-core/methylseq#527 · 1 bình luận ·

  • Bismark soft clip --local_alignment True keeps L,value,value
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/methylseq#472 · 1 bình luận ·

  • Add minimap2 as aligner option for Bismark
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/methylseq#455 ·

  • Specify additional "genomes" of spike-in controls for downstream calculation of bisulfite conversion efficiency
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    nf-core/methylseq#394 · 7 bình luận · 2 reaction · 1 người được giao ·

  • Support for NuGEN Ovation RRBS
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    stale

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/methylseq#376 · 2 bình luận ·

  • Add `rastair`
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    nf-core/methylseq#374 · 1 bình luận · 1 người được giao ·

  • Mapping samples to multiple reference fasta
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    dsl2 enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/methylseq#181 · 15 bình luận · 1 reaction ·

  • Complexity curve
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    question stale

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100

    nf-core/methylseq#96 · 5 bình luận ·

  • Add SNP calling
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

    nf-core/methylseq#65 · 6 bình luận ·

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.