backbone with clashes

Đang mở
#24 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
bioinformatics, machine-learning

Hướng nghiên cứu

Chạy lệnh lấy mẫu python đã nêu và kiểm tra các cấu trúc PDB được tạo ra để tìm các va chạm lập thể. Điều tra xem việc tái dựng backbone từ các góc, quá trình huấn luyện, chế độ model hay dữ liệu có giải thích được các quan sát hay không. Công việc được xem là hoàn tất khi xác định được nguồn gốc của các va chạm, nhưng issue không chỉ định bản sửa lỗi hoặc bài kiểm thử mục tiêu.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi,

Very interesting work.

I tried the sampling command 'python ~/projects/foldingdiff/bin/sample.py -l 50 128 -n 10 -b 512 --device cuda:0' and I observed a lot of steric clashes within the generated PDB structures. Any insights about where these clashes might come from? Based on the paper, it seems rebuilding the backbone from angles does not really cause problems. So it could be the training/mode/data?

Best,
Xiaotong

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
568
Fork
74
Merge trung bình
20 giờ 2 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của microsoft/foldingdiff

Tất cả issue của microsoft/foldingdiff

Issue tương tự

Thêm issue về Bioinformatics

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.