Update Tophat for Collection-Aware Read Group Mapping
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 30/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics, tooling
Línea de trabajo
Comienza revisando la configuración existente de la herramienta Galaxy Tophat y sus opciones de grupo de lectura, y después compara los campos que faltan, pi, ks, fo y pg, con la especificación SAM. Consulta el código fuente de Tophat para determinar si los encabezados restantes pueden exponerse allí o deben asignarse mediante macros reutilizadas; se considera terminado cuando los campos válidos restantes se puedan especificar.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Last bit of https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/issues/92 which was mostly dealt with.
The problem with tophat is that it does not allow arbitrary read groups or at least all of the valid Broad/SAM specification ones. We could pick and choose pieces of the macros to reuse and adapt the conditionals to tophat - or we can try to get tophat to allow the remaining headers to be specifiable.
Tophat source code is at https://github.com/infphilo/tophat.
Current header supported:
--rg-id <string> (read group ID)
--rg-sample <string> (sample ID)
--rg-library <string> (library ID)
--rg-description <string> (descriptive string, no tabs allowed)
--rg-platform-unit <string> (e.g Illumina lane ID)
--rg-center <string> (sequencing center name)
--rg-date <string> (ISO 8601 date of the sequencing run)
--rg-platform <string> (Sequencing platform descriptor)
Missing options include pi, ks, fo, pg.
See SAM specification for definitions of these options - https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 37
- Forks
- 94
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de galaxyproject/tools-devteam
-
Scatterplot: select the columns based on colnames rather than position in the tablePosiblemente ocupada @hechth la tomó hace 631 días. Abierto
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100
galaxyproject/tools-devteam#632 · 1 comentario ·
-
bug
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100
galaxyproject/tools-devteam#626 ·
-
Test against 22.01Abierto
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 15/100
galaxyproject/tools-devteam#602 · 2 comentarios ·
-
Unused tool parametersAbierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100
galaxyproject/tools-devteam#601 · 1 comentario ·
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 38/100
galaxyproject/tools-devteam#597 · 4 comentarios ·
Todos los issues de galaxyproject/tools-devteam
Issues similares
-
bug P1
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100
Toloka/tolokaforge#1947 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
SageMaker provider: streaming fails with NoStreamDataError on DJL Serving (LMI) endpointsPosiblemente ocupada @balajiaru la tomó hoy. Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100
UKGovernmentBEIS/inspect_ai#6127 ·
Los mantenedores suelen responder en 2 días
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 67/100
pydot/pydot#601 · 4 comentarios ·
Los mantenedores suelen responder en 2 días
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100
letsencrypt/cp-cps#361 ·
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 65/100