OpenMS

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• MSstatsFile: Condition written unquoted, so conditions containing commas produce malformed MSstats CSV

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 65/100

  OpenMS/OpenMS#10512 · コメント 1 件 · 2026年10月11日 に作成

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• Benchmark ProSE fragment index serialization/rebuilding across compute nodes versus all work on one node

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  Performance

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 8/100

  OpenMS/OpenMS#10488 · コメント 1 件 · 2026年10月10日 に作成

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• RFC: Decouple acquisition-data readers from OpenMS models and add zero-copy access to decoded buffers (not urgent)

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  OpenMS/OpenMS#10413 · コメント 3 件 · 2026年10月4日 に作成

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• Deploying versioned OpenMS libraries (SOVERSION): what has to ship where, and what breaks

  再び着手できるかも @kavyansh-1 が 9 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#10369 · コメント 6 件 · 2026年9月30日 に作成

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• [FEATURE] Deploying tools built against the developer SDK: openms_install_runtime(), third-party licenses in the SDK, and a deployment check

  再び着手できるかも @kg290 が 10 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenMS/OpenMS#10341 · コメント 6 件 · 2026年9月29日 に作成

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• Segfault in QTClusterFinder/FeatureGroupingAlgorithmQT during ProteomicsLFQ cross-run alignment with Sage identifications

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 52/100

  OpenMS/OpenMS#10310 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2026年9月28日 に作成

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• BrukerTimsFile: read .d.zip archives without unpacking analysis.tdf_bin

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  enhancement

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenMS/OpenMS#10281 · 2026年9月26日 に作成

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• Move the vcpkg OpenSSL pin off 3.6 before its support ends on 2026-11-01

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  OpenMS/OpenMS#10270 · 2026年9月25日 に作成

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• 3.6.0 blockers with verified fixes: macOS ExecutePipeline lacks bin/qt.conf; pyOpenMS plot_spectrum and get_df(long=True) regressions

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

  OpenMS/OpenMS#10260 · コメント 1 件 · 2026年9月24日 に作成

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• Tracking: finish the third-party dependency consolidation (follow-up to #9451)

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  OpenMS/OpenMS#10251 · コメント 1 件 · 2026年9月23日 に作成

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• Support satellite ions (d, v, w) — currently an mzPAF v1.0 conformance gap

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  enhancement OpenMS - library

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 67/100

  OpenMS/OpenMS#10175 · コメント 1 件 · 2026年9月17日 に作成

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• Add mzSpecLib (HUPO-PSI spectral library standard) read/write support

  再び着手できるかも @kavyansh-1 が 11 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  enhancement File Format

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  OpenMS/OpenMS#10172 · コメント 3 件 · 2026年9月17日 に作成

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• CI: no Windows Debug build is exercised (windows-x64-debug preset is untested)

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenMS/OpenMS#10145 · 2026年9月15日 に作成

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• vcpkg: derive VCPKG_MANIFEST_FEATURES from the WITH_* options instead of requiring both

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 64/100

  OpenMS/OpenMS#10143 · 2026年9月15日 に作成

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• Boolean string parameters: valid-string order `{"true","false"}` vs `{"false","true"}` is used inconsistently and silently changes flag/CTD/CWL behavior

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  usability

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  OpenMS/OpenMS#10116 · コメント 4 件 · 2026年9月11日 に作成

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• MS1-labeled data: keep the spectrum match truthful, make peptide identity explicit

  再び着手できるかも このイシューのプルリクエストはマージされずにクローズされました。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#10062 · コメント 5 件 · 2026年9月4日 に作成

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• check if this is compatible with our current version

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  OpenMS/OpenMS#10060 · コメント 3 件 · 2026年9月4日 に作成

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• AASequence cannot represent an unlocalised modification (position unknown)

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  OpenMS/OpenMS#10016 · コメント 4 件 · 2026年8月31日 に作成

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• [FEATUREFINDER] Biosaur2Algorithm::centroidProfileSpectra_: dead drift-time guard would drop every FAIMS CV

  再び着手できるかも @kavyansh-1 が 30 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  defect

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100

  OpenMS/OpenMS#10005 · コメント 3 件 · 2026年8月29日 に作成

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• check if TMT and LFQ quantification works with NuXL output

  再び着手できるかも @timosachsenberg が 43 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#9992 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2026年8月29日 に作成

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• ProteomicsLFQ: single-threaded workflow does not scale to large run counts (500-run LFQ → ~28 h, 700+ GB, 1 core)

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  OpenMS/OpenMS#9977 · 2026年8月28日 に作成

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• Windows: file paths longer than MAX_PATH (260 chars) are not supported

  再び着手できるかも @kavyansh-1 が 30 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#9943 · コメント 5 件 · 2026年8月22日 に作成

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• Nightly build producing void outputs

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 40/100

  OpenMS/OpenMS#9925 · コメント 4 件 · 2026年8月17日 に作成

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• ConsensusID -keep_old_scores: per-engine scores are lost, and the obvious one-line fix makes it worse

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 52/100

  OpenMS/OpenMS#9894 · コメント 4 件 · リアクション 1 件 · 2026年8月8日 に作成

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• QPX scan column: Bruker TDF, Sciex WIFF and merged PASEF native IDs do not identify the spectrum

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  OpenMS/OpenMS#9893 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2026年8月8日 に作成

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• QPX: intensity provenance, the replicate axis, and dataset self-sufficiency (Phase 2 + 3 of #9864)

  オープン

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  OpenMS/OpenMS#9885 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2026年8月7日 に作成

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• Isobaric PSM roll-up sums every PSM with no purity filter, and the per-PSM purity it already stores is never used

  再び着手できるかも @jpfeuffer が 66 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#9870 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年8月5日 に作成

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• OpenNuXL: nondeterministic fragment ion annotation for near-mass-degenerate theoretical peaks

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

  OpenMS/OpenMS#9858 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2026年8月5日 に作成

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• ExperimentalDesign cannot express two multiplexing dimensions (SILAC inside TMT), and the QPX guard for it is untested

  オープン

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  OpenMS/OpenMS#9840 · コメント 4 件 · リアクション 1 件 · 2026年8月2日 に作成

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• UniPEFF should report isoforms

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  enhancement new contributor

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 45/100

  OpenMS/OpenMS#9830 · コメント 3 件 · リアクション 1 件 · 2026年7月30日 に作成

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• QPX export: active follow-up tracker

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  OpenMS/OpenMS#9817 · コメント 14 件 · リアクション 1 件 · 2026年7月28日 に作成

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• Feature::getConvexHull() turns mixed empty/non-empty hulls into a full numeric-range bounding box

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  OpenMS/OpenMS#9802 · コメント 4 件 · リアクション 1 件 · 2026年7月26日 に作成

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• CI: flaky "Failed to download thermofisher.commoncore.*.nupkg" breaks openms-ci-full builds

  再び着手できるかも @jpfeuffer が 93 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#9717 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年7月9日 に作成

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• OpenSwathWorkflow: featureXML output order is not deterministic across -threads (wave scheduler)

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 76/100

  OpenMS/OpenMS#9628 · コメント 4 件 · リアクション 1 件 · 2026年6月19日 に作成

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• [RFC] Spatial feature detection for imaging MS (with optional ion mobility)

  再び着手できるかも @patrick-bo が 117 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#9433 · コメント 5 件 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年6月2日 に作成

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• ThermoRawFile should support PeakFileOptions

  再び着手できるかも @jpfeuffer が 131 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#9427 · 担当者 1 名 · 2026年6月1日 に作成

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• Add chimeric search to ProSE

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 30/100

  OpenMS/OpenMS#9422 · 2026年5月31日 に作成

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• [aw] No-Op Runs

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  難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 5/100

  OpenMS/OpenMS#9402 · コメント 2 件 · 2026年5月25日 に作成

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• Parquet IO: improve ProteinIdentification identifier architecture

  再び着手できるかも @jpfeuffer が 140 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#9401 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年5月24日 に作成

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• digest of sequence with X might lead to unexpected result

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  OpenMS/OpenMS#9303 · コメント 5 件 · 2026年5月12日 に作成

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• Try build optimizations with Copilot by Microsoft

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  OpenMS/OpenMS#9282 · 2026年5月10日 に作成

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• ProSE chunked calibration: pool PSMs across first-K main-search chunks to close residual yield gap

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  OpenMS/OpenMS#9184 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2026年4月18日 に作成

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• Investigate how easy it is to implement DDA+ in PeptideDatabaseSearchFI

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  OpenMS/OpenMS#9107 · 2026年4月8日 に作成

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• Feature request: Chimeric spectrum detection / co-isolation enumeration in pyopenms

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  OpenMS/OpenMS#9004 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2026年3月26日 に作成

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• FFID: address redundant elution model fitting, background subtraction, and score evaluation

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  OpenMS/OpenMS#8886 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2026年3月11日 に作成

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• Investigate loss of AVX support on Windows

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  OpenMS/OpenMS#8845 · コメント 3 件 · 2026年3月6日 に作成

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• Add tests for large datasets (e.g. run regularly)

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  OpenMS/OpenMS#8788 · コメント 128 件 · 2026年2月23日 に作成

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• Evaluate new alignment method

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  OpenMS/OpenMS#8746 · コメント 33 件 · 2026年2月6日 に作成

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• TOPPAS to CWL Converter

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  OpenMS/OpenMS#7710 · コメント 4 件 · リアクション 2 件 · 2024年11月27日 に作成

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  再び着手できるかも @santhosh-7777 が 186 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  OpenMS/OpenMS#7708 · コメント 2 件 · 2024年11月27日 に作成

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