OpenMS

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

• Allow choosing different models for MS2 spectrum prediction (e.g. add Prosit MultiFragmentation)

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  enhancement

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  OpenMS/OpenMS#10540 · Aperta il 12/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• SignalToNoiseEstimatorMedian/MeanIterative: absolute "- 1" intensity offset in histogram binning and max_element comparator bug

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  OpenMS/OpenMS#10521 · Aperta il 11/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Enforce valid, map-unique feature ids instead of relying on convention

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  OpenMS/OpenMS#10520 · Aperta il 11/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• OpenMS 3.6.0 Release notes truncated

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

  OpenMS/OpenMS#10513 · Aperta il 11/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Benchmark ProSE fragment index serialization/rebuilding across compute nodes versus all work on one node

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  Performance

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 8/100

  OpenMS/OpenMS#10488 · 3 commenti · Aperta il 10/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• RFC: Decouple acquisition-data readers from OpenMS models and add zero-copy access to decoded buffers (not urgent)

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  OpenMS/OpenMS#10413 · 4 commenti · Aperta il 4/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Deploying versioned OpenMS libraries (SOVERSION): what has to ship where, and what breaks

  Forse di nuovo libera @kavyansh-1 l’ha presa 12 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 38/100

  OpenMS/OpenMS#10369 · 6 commenti · Aperta il 30/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• [FEATURE] Deploying tools built against the developer SDK: openms_install_runtime(), third-party licenses in the SDK, and a deployment check

  Forse di nuovo libera @kg290 l’ha presa 12 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  OpenMS/OpenMS#10341 · 6 commenti · Aperta il 29/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Segfault in QTClusterFinder/FeatureGroupingAlgorithmQT during ProteomicsLFQ cross-run alignment with Sage identifications

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

  OpenMS/OpenMS#10310 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 28/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• BrukerTimsFile: read .d.zip archives without unpacking analysis.tdf_bin

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  enhancement

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  OpenMS/OpenMS#10281 · Aperta il 26/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Move the vcpkg OpenSSL pin off 3.6 before its support ends on 2026-11-01

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

  OpenMS/OpenMS#10270 · Aperta il 25/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• 3.6.0 blockers with verified fixes: macOS ExecutePipeline lacks bin/qt.conf; pyOpenMS plot_spectrum and get_df(long=True) regressions

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

  OpenMS/OpenMS#10260 · 1 commento · Aperta il 24/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Tracking: finish the third-party dependency consolidation (follow-up to #9451)

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  OpenMS/OpenMS#10251 · 1 commento · Aperta il 23/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Support satellite ions (d, v, w) — currently an mzPAF v1.0 conformance gap

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  enhancement OpenMS - library

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 67/100

  OpenMS/OpenMS#10175 · 1 commento · Aperta il 17/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Add mzSpecLib (HUPO-PSI spectral library standard) read/write support

  Forse di nuovo libera @kavyansh-1 l’ha presa 14 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  enhancement File Format

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  OpenMS/OpenMS#10172 · 3 commenti · Aperta il 17/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• CI: no Windows Debug build is exercised (windows-x64-debug preset is untested)

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  OpenMS/OpenMS#10145 · Aperta il 15/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• vcpkg: derive VCPKG_MANIFEST_FEATURES from the WITH_* options instead of requiring both

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 64/100

  OpenMS/OpenMS#10143 · Aperta il 15/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Boolean string parameters: valid-string order `{"true","false"}` vs `{"false","true"}` is used inconsistently and silently changes flag/CTD/CWL behavior

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  usability

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  OpenMS/OpenMS#10116 · 4 commenti · Aperta il 11/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• MS1-labeled data: keep the spectrum match truthful, make peptide identity explicit

  Forse di nuovo libera Una pull request per questa issue è stata chiusa senza essere unita. Aperta

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  OpenMS/OpenMS#10062 · 5 commenti · Aperta il 4/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• check if this is compatible with our current version

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

  OpenMS/OpenMS#10060 · 3 commenti · Aperta il 4/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• AASequence cannot represent an unlocalised modification (position unknown)

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  OpenMS/OpenMS#10016 · 4 commenti · Aperta il 31/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• [FEATUREFINDER] Biosaur2Algorithm::centroidProfileSpectra_: dead drift-time guard would drop every FAIMS CV

  Forse di nuovo libera @kavyansh-1 l’ha presa 32 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  defect

  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100

  OpenMS/OpenMS#10005 · 3 commenti · Aperta il 29/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• check if TMT and LFQ quantification works with NuXL output

  Forse di nuovo libera @timosachsenberg l’ha presa 45 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  enhancement

  OpenMS/OpenMS#9992 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 29/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• ProteomicsLFQ: single-threaded workflow does not scale to large run counts (500-run LFQ → ~28 h, 700+ GB, 1 core)

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  OpenMS/OpenMS#9977 · Aperta il 28/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Windows: file paths longer than MAX_PATH (260 chars) are not supported

  Forse di nuovo libera @kavyansh-1 l’ha presa 33 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  OpenMS/OpenMS#9943 · 5 commenti · Aperta il 22/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Nightly build producing void outputs

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  new contributor question

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 40/100

  OpenMS/OpenMS#9925 · 4 commenti · Aperta il 17/8/2026

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• ConsensusID -keep_old_scores: per-engine scores are lost, and the obvious one-line fix makes it worse

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

  OpenMS/OpenMS#9894 · 4 commenti · 1 reazione · Aperta il 8/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• QPX scan column: Bruker TDF, Sciex WIFF and merged PASEF native IDs do not identify the spectrum

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  OpenMS/OpenMS#9893 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 8/8/2026

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• QPX: intensity provenance, the replicate axis, and dataset self-sufficiency (Phase 2 + 3 of #9864)

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  OpenMS/OpenMS#9885 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 7/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Isobaric PSM roll-up sums every PSM with no purity filter, and the per-PSM purity it already stores is never used

  Forse di nuovo libera @jpfeuffer l’ha presa 68 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  OpenMS/OpenMS#9870 · 2 commenti · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 5/8/2026

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• OpenNuXL: nondeterministic fragment ion annotation for near-mass-degenerate theoretical peaks

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  OpenMS/OpenMS#9858 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 5/8/2026

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• ExperimentalDesign cannot express two multiplexing dimensions (SILAC inside TMT), and the QPX guard for it is untested

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  OpenMS/OpenMS#9840 · 4 commenti · 1 reazione · Aperta il 2/8/2026

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• UniPEFF should report isoforms

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  enhancement new contributor

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

  OpenMS/OpenMS#9830 · 3 commenti · 1 reazione · Aperta il 30/7/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• QPX export: active follow-up tracker

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  OpenMS/OpenMS#9817 · 14 commenti · 1 reazione · Aperta il 28/7/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Feature::getConvexHull() turns mixed empty/non-empty hulls into a full numeric-range bounding box

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

  OpenMS/OpenMS#9802 · 4 commenti · 1 reazione · Aperta il 26/7/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• CI: flaky "Failed to download thermofisher.commoncore.*.nupkg" breaks openms-ci-full builds

  Forse di nuovo libera @jpfeuffer l’ha presa 96 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  OpenMS/OpenMS#9717 · 2 commenti · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 9/7/2026

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• OpenSwathWorkflow: featureXML output order is not deterministic across -threads (wave scheduler)

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 76/100

  OpenMS/OpenMS#9628 · 4 commenti · 1 reazione · Aperta il 19/6/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• [RFC] Spatial feature detection for imaging MS (with optional ion mobility)

  Forse di nuovo libera @patrick-bo l’ha presa 119 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  OpenMS/OpenMS#9433 · 5 commenti · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 2/6/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• ThermoRawFile should support PeakFileOptions

  Forse di nuovo libera @jpfeuffer l’ha presa 134 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  OpenMS/OpenMS#9427 · 1 assegnatario · Aperta il 1/6/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Add chimeric search to ProSE

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

  OpenMS/OpenMS#9422 · Aperta il 31/5/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• [aw] No-Op Runs

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  agentic-workflows

  Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 5/100

  OpenMS/OpenMS#9402 · 2 commenti · Aperta il 25/5/2026

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• Parquet IO: improve ProteinIdentification identifier architecture

  Forse di nuovo libera @jpfeuffer l’ha presa 142 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  OpenMS/OpenMS#9401 · 1 commento · 1 reazione · 2 assegnatari · Aperta il 24/5/2026

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• digest of sequence with X might lead to unexpected result

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  OpenMS/OpenMS#9303 · 5 commenti · Aperta il 12/5/2026

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• Try build optimizations with Copilot by Microsoft

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  OpenMS/OpenMS#9282 · Aperta il 10/5/2026

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• ProSE chunked calibration: pool PSMs across first-K main-search chunks to close residual yield gap

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  OpenMS/OpenMS#9184 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 18/4/2026

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• Investigate how easy it is to implement DDA+ in PeptideDatabaseSearchFI

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  OpenMS/OpenMS#9107 · Aperta il 8/4/2026

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• Feature request: Chimeric spectrum detection / co-isolation enumeration in pyopenms

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  OpenMS/OpenMS#9004 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 26/3/2026

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• FFID: address redundant elution model fitting, background subtraction, and score evaluation

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  OpenMS/OpenMS#8886 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 11/3/2026

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• Investigate loss of AVX support on Windows

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

  OpenMS/OpenMS#8845 · 3 commenti · Aperta il 6/3/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Add tests for large datasets (e.g. run regularly)

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  OpenMS/OpenMS#8788 · 128 commenti · Aperta il 23/2/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno