OpenMS

Les issues sur lesquelles quelqu’un travaille peut-être déjà sont listées en dernier. Tout trier par date

• Vendor readers (Bruker .d, Thermo .raw): speed, streaming/random access, non-IM Bruker formats

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

  OpenMS/OpenMS#10522 · Ouverte le 11/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• SignalToNoiseEstimatorMedian/MeanIterative: absolute "- 1" intensity offset in histogram binning and max_element comparator bug

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

  OpenMS/OpenMS#10521 · Ouverte le 11/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• OpenMS 3.6.0 Release notes truncated

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

  OpenMS/OpenMS#10513 · Ouverte le 11/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• MSstatsFile: Condition written unquoted, so conditions containing commas produce malformed MSstats CSV

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 65/100

  OpenMS/OpenMS#10512 · 1 commentaire · Ouverte le 11/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Benchmark ProSE fragment index serialization/rebuilding across compute nodes versus all work on one node

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  Performance

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 8/100

  OpenMS/OpenMS#10488 · 3 commentaires · Ouverte le 10/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• RFC: Decouple acquisition-data readers from OpenMS models and add zero-copy access to decoded buffers (not urgent)

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  OpenMS/OpenMS#10413 · 4 commentaires · Ouverte le 4/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Deploying versioned OpenMS libraries (SOVERSION): what has to ship where, and what breaks

  Peut-être à nouveau libre @kavyansh-1 l’a pris il y a 11 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 38/100

  OpenMS/OpenMS#10369 · 6 commentaires · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• [FEATURE] Deploying tools built against the developer SDK: openms_install_runtime(), third-party licenses in the SDK, and a deployment check

  Peut-être à nouveau libre @kg290 l’a pris il y a 11 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  OpenMS/OpenMS#10341 · 6 commentaires · Ouverte le 29/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Segfault in QTClusterFinder/FeatureGroupingAlgorithmQT during ProteomicsLFQ cross-run alignment with Sage identifications

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100

  OpenMS/OpenMS#10310 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 28/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• BrukerTimsFile: read .d.zip archives without unpacking analysis.tdf_bin

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  enhancement

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  OpenMS/OpenMS#10281 · Ouverte le 26/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Move the vcpkg OpenSSL pin off 3.6 before its support ends on 2026-11-01

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

  OpenMS/OpenMS#10270 · Ouverte le 25/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• 3.6.0 blockers with verified fixes: macOS ExecutePipeline lacks bin/qt.conf; pyOpenMS plot_spectrum and get_df(long=True) regressions

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  blocker

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

  OpenMS/OpenMS#10260 · 1 commentaire · Ouverte le 24/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Tracking: finish the third-party dependency consolidation (follow-up to #9451)

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  OpenMS/OpenMS#10251 · 1 commentaire · Ouverte le 23/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Support satellite ions (d, v, w) — currently an mzPAF v1.0 conformance gap

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  enhancement OpenMS - library

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 67/100

  OpenMS/OpenMS#10175 · 1 commentaire · Ouverte le 17/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Add mzSpecLib (HUPO-PSI spectral library standard) read/write support

  Peut-être à nouveau libre @kavyansh-1 l’a pris il y a 13 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  enhancement File Format

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  OpenMS/OpenMS#10172 · 3 commentaires · Ouverte le 17/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• [TRACKING] 229 confirmed defects in the core library from the OpenMS4 Core port review (19 P0, 85 P1, 39 P2, 86 P3)

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 15/100

  OpenMS/OpenMS#10148 · 34 commentaires · Ouverte le 15/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• CI: no Windows Debug build is exercised (windows-x64-debug preset is untested)

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

  OpenMS/OpenMS#10145 · Ouverte le 15/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• vcpkg: derive VCPKG_MANIFEST_FEATURES from the WITH_* options instead of requiring both

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 64/100

  OpenMS/OpenMS#10143 · Ouverte le 15/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Boolean string parameters: valid-string order `{"true","false"}` vs `{"false","true"}` is used inconsistently and silently changes flag/CTD/CWL behavior

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  usability

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  OpenMS/OpenMS#10116 · 4 commentaires · Ouverte le 11/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• MS1-labeled data: keep the spectrum match truthful, make peptide identity explicit

  Peut-être à nouveau libre Une pull request pour cette issue a été fermée sans être fusionnée. Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  OpenMS/OpenMS#10062 · 5 commentaires · Ouverte le 4/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• check if this is compatible with our current version

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

  OpenMS/OpenMS#10060 · 3 commentaires · Ouverte le 4/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• AASequence cannot represent an unlocalised modification (position unknown)

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  enhancement

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  OpenMS/OpenMS#10016 · 4 commentaires · Ouverte le 31/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• [FEATUREFINDER] Biosaur2Algorithm::centroidProfileSpectra_: dead drift-time guard would drop every FAIMS CV

  Peut-être à nouveau libre @kavyansh-1 l’a pris il y a 31 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  defect

  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 78/100

  OpenMS/OpenMS#10005 · 3 commentaires · Ouverte le 29/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• check if TMT and LFQ quantification works with NuXL output

  Peut-être à nouveau libre @timosachsenberg l’a pris il y a 44 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  OpenMS/OpenMS#9992 · 2 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 29/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• ProteomicsLFQ: single-threaded workflow does not scale to large run counts (500-run LFQ → ~28 h, 700+ GB, 1 core)

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 42/100

  OpenMS/OpenMS#9977 · Ouverte le 28/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Windows: file paths longer than MAX_PATH (260 chars) are not supported

  Peut-être à nouveau libre @kavyansh-1 l’a pris il y a 32 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 38/100

  OpenMS/OpenMS#9943 · 5 commentaires · Ouverte le 22/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Nightly build producing void outputs

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  new contributor question

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 40/100

  OpenMS/OpenMS#9925 · 4 commentaires · Ouverte le 17/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• ConsensusID -keep_old_scores: per-engine scores are lost, and the obvious one-line fix makes it worse

  Ouverte

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100

  OpenMS/OpenMS#9894 · 4 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 8/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• QPX scan column: Bruker TDF, Sciex WIFF and merged PASEF native IDs do not identify the spectrum

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  OpenMS/OpenMS#9893 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 8/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• QPX: intensity provenance, the replicate axis, and dataset self-sufficiency (Phase 2 + 3 of #9864)

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  OpenMS/OpenMS#9885 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 7/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Isobaric PSM roll-up sums every PSM with no purity filter, and the per-PSM purity it already stores is never used

  Peut-être à nouveau libre @jpfeuffer l’a pris il y a 67 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  OpenMS/OpenMS#9870 · 2 commentaires · 1 réaction · 1 personne assignée · Ouverte le 5/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• OpenNuXL: nondeterministic fragment ion annotation for near-mass-degenerate theoretical peaks

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

  OpenMS/OpenMS#9858 · 1 commentaire · 1 réaction · Ouverte le 5/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• ExperimentalDesign cannot express two multiplexing dimensions (SILAC inside TMT), and the QPX guard for it is untested

  Ouverte

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

  OpenMS/OpenMS#9840 · 4 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 2/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• UniPEFF should report isoforms

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 45/100

  OpenMS/OpenMS#9830 · 3 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 30/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• QPX export: active follow-up tracker

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  OpenMS/OpenMS#9817 · 14 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 28/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Feature::getConvexHull() turns mixed empty/non-empty hulls into a full numeric-range bounding box

  Ouverte

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100

  OpenMS/OpenMS#9802 · 4 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 26/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• CI: flaky "Failed to download thermofisher.commoncore.*.nupkg" breaks openms-ci-full builds

  Peut-être à nouveau libre @jpfeuffer l’a pris il y a 95 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  OpenMS/OpenMS#9717 · 2 commentaires · 1 réaction · 1 personne assignée · Ouverte le 9/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• OpenSwathWorkflow: featureXML output order is not deterministic across -threads (wave scheduler)

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 76/100

  OpenMS/OpenMS#9628 · 4 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 19/6/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• [RFC] Spatial feature detection for imaging MS (with optional ion mobility)

  Peut-être à nouveau libre @patrick-bo l’a pris il y a 118 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  OpenMS/OpenMS#9433 · 5 commentaires · 1 réaction · 1 personne assignée · Ouverte le 2/6/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• ThermoRawFile should support PeakFileOptions

  Peut-être à nouveau libre @jpfeuffer l’a pris il y a 133 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  OpenMS/OpenMS#9427 · 1 personne assignée · Ouverte le 1/6/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Add chimeric search to ProSE

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

  OpenMS/OpenMS#9422 · Ouverte le 31/5/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• [aw] No-Op Runs

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  agentic-workflows

  Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 5/100

  OpenMS/OpenMS#9402 · 2 commentaires · Ouverte le 25/5/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Parquet IO: improve ProteinIdentification identifier architecture

  Peut-être à nouveau libre @jpfeuffer l’a pris il y a 141 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  OpenMS/OpenMS#9401 · 1 commentaire · 1 réaction · 2 personnes assignées · Ouverte le 24/5/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• digest of sequence with X might lead to unexpected result

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  bug

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

  OpenMS/OpenMS#9303 · 5 commentaires · Ouverte le 12/5/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Try build optimizations with Copilot by Microsoft

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  OpenMS/OpenMS#9282 · Ouverte le 10/5/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• ProSE chunked calibration: pool PSMs across first-K main-search chunks to close residual yield gap

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  OpenMS/OpenMS#9184 · 1 commentaire · 1 réaction · Ouverte le 18/4/2026

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• Investigate how easy it is to implement DDA+ in PeptideDatabaseSearchFI

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  OpenMS/OpenMS#9107 · Ouverte le 8/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Feature request: Chimeric spectrum detection / co-isolation enumeration in pyopenms

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  OpenMS/OpenMS#9004 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 26/3/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• FFID: address redundant elution model fitting, background subtraction, and score evaluation

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  OpenMS/OpenMS#8886 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 11/3/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Investigate loss of AVX support on Windows

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

  OpenMS/OpenMS#8845 · 3 commentaires · Ouverte le 6/3/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour