OpenMS

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• MSstatsFile: Condition written unquoted, so conditions containing commas produce malformed MSstats CSV

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  Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 65/100

  OpenMS/OpenMS#10512 · 1 Kommentar · Erstellt am 11.10.2026

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• Benchmark ProSE fragment index serialization/rebuilding across compute nodes versus all work on one node

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  Performance

  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 8/100

  OpenMS/OpenMS#10488 · 1 Kommentar · Erstellt am 10.10.2026

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• RFC: Decouple acquisition-data readers from OpenMS models and add zero-copy access to decoded buffers (not urgent)

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

  OpenMS/OpenMS#10413 · 3 Kommentare · Erstellt am 04.10.2026

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• Deploying versioned OpenMS libraries (SOVERSION): what has to ship where, and what breaks

  Evtl. wieder frei @kavyansh-1 hat das vor 9 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 38/100

  OpenMS/OpenMS#10369 · 6 Kommentare · Erstellt am 30.9.2026

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• [FEATURE] Deploying tools built against the developer SDK: openms_install_runtime(), third-party licenses in the SDK, and a deployment check

  Evtl. wieder frei @kg290 hat das vor 10 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

  OpenMS/OpenMS#10341 · 6 Kommentare · Erstellt am 29.9.2026

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• Segfault in QTClusterFinder/FeatureGroupingAlgorithmQT during ProteomicsLFQ cross-run alignment with Sage identifications

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

  OpenMS/OpenMS#10310 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 28.9.2026

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• BrukerTimsFile: read .d.zip archives without unpacking analysis.tdf_bin

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  enhancement

  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

  OpenMS/OpenMS#10281 · Erstellt am 26.9.2026

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• Move the vcpkg OpenSSL pin off 3.6 before its support ends on 2026-11-01

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

  OpenMS/OpenMS#10270 · Erstellt am 25.9.2026

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• 3.6.0 blockers with verified fixes: macOS ExecutePipeline lacks bin/qt.conf; pyOpenMS plot_spectrum and get_df(long=True) regressions

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  blocker

  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

  OpenMS/OpenMS#10260 · 1 Kommentar · Erstellt am 24.9.2026

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• Tracking: finish the third-party dependency consolidation (follow-up to #9451)

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

  OpenMS/OpenMS#10251 · 1 Kommentar · Erstellt am 23.9.2026

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• Support satellite ions (d, v, w) — currently an mzPAF v1.0 conformance gap

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  enhancement OpenMS - library

  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 67/100

  OpenMS/OpenMS#10175 · 1 Kommentar · Erstellt am 17.9.2026

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• Add mzSpecLib (HUPO-PSI spectral library standard) read/write support

  Evtl. wieder frei @kavyansh-1 hat das vor 11 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  enhancement File Format

  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

  OpenMS/OpenMS#10172 · 3 Kommentare · Erstellt am 17.9.2026

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• CI: no Windows Debug build is exercised (windows-x64-debug preset is untested)

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

  OpenMS/OpenMS#10145 · Erstellt am 15.9.2026

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• vcpkg: derive VCPKG_MANIFEST_FEATURES from the WITH_* options instead of requiring both

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 64/100

  OpenMS/OpenMS#10143 · Erstellt am 15.9.2026

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• Boolean string parameters: valid-string order `{"true","false"}` vs `{"false","true"}` is used inconsistently and silently changes flag/CTD/CWL behavior

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  usability

  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

  OpenMS/OpenMS#10116 · 4 Kommentare · Erstellt am 11.9.2026

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• MS1-labeled data: keep the spectrum match truthful, make peptide identity explicit

  Evtl. wieder frei Ein Pull Request dazu wurde ohne Merge geschlossen. Offen

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

  OpenMS/OpenMS#10062 · 5 Kommentare · Erstellt am 04.9.2026

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• check if this is compatible with our current version

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

  OpenMS/OpenMS#10060 · 3 Kommentare · Erstellt am 04.9.2026

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• AASequence cannot represent an unlocalised modification (position unknown)

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  enhancement

  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

  OpenMS/OpenMS#10016 · 4 Kommentare · Erstellt am 31.8.2026

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• [FEATUREFINDER] Biosaur2Algorithm::centroidProfileSpectra_: dead drift-time guard would drop every FAIMS CV

  Evtl. wieder frei @kavyansh-1 hat das vor 29 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 78/100

  OpenMS/OpenMS#10005 · 3 Kommentare · Erstellt am 29.8.2026

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• check if TMT and LFQ quantification works with NuXL output

  Evtl. wieder frei @timosachsenberg hat das vor 43 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  enhancement

  OpenMS/OpenMS#9992 · 2 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 29.8.2026

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• ProteomicsLFQ: single-threaded workflow does not scale to large run counts (500-run LFQ → ~28 h, 700+ GB, 1 core)

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 42/100

  OpenMS/OpenMS#9977 · Erstellt am 28.8.2026

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• Windows: file paths longer than MAX_PATH (260 chars) are not supported

  Evtl. wieder frei @kavyansh-1 hat das vor 30 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 38/100

  OpenMS/OpenMS#9943 · 5 Kommentare · Erstellt am 22.8.2026

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• Nightly build producing void outputs

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 40/100

  OpenMS/OpenMS#9925 · 4 Kommentare · Erstellt am 17.8.2026

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• ConsensusID -keep_old_scores: per-engine scores are lost, and the obvious one-line fix makes it worse

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

  OpenMS/OpenMS#9894 · 4 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 08.8.2026

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• QPX scan column: Bruker TDF, Sciex WIFF and merged PASEF native IDs do not identify the spectrum

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 45/100

  OpenMS/OpenMS#9893 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 08.8.2026

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• QPX: intensity provenance, the replicate axis, and dataset self-sufficiency (Phase 2 + 3 of #9864)

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

  OpenMS/OpenMS#9885 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 07.8.2026

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• Isobaric PSM roll-up sums every PSM with no purity filter, and the per-PSM purity it already stores is never used

  Evtl. wieder frei @jpfeuffer hat das vor 66 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  OpenMS/OpenMS#9870 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 05.8.2026

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• OpenNuXL: nondeterministic fragment ion annotation for near-mass-degenerate theoretical peaks

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

  OpenMS/OpenMS#9858 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 05.8.2026

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• ExperimentalDesign cannot express two multiplexing dimensions (SILAC inside TMT), and the QPX guard for it is untested

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

  OpenMS/OpenMS#9840 · 4 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 02.8.2026

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• UniPEFF should report isoforms

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  enhancement new contributor

  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 45/100

  OpenMS/OpenMS#9830 · 3 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 30.7.2026

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• QPX export: active follow-up tracker

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

  OpenMS/OpenMS#9817 · 14 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 28.7.2026

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• Feature::getConvexHull() turns mixed empty/non-empty hulls into a full numeric-range bounding box

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  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

  OpenMS/OpenMS#9802 · 4 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 26.7.2026

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• CI: flaky "Failed to download thermofisher.commoncore.*.nupkg" breaks openms-ci-full builds

  Evtl. wieder frei @jpfeuffer hat das vor 93 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  OpenMS/OpenMS#9717 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 09.7.2026

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• OpenSwathWorkflow: featureXML output order is not deterministic across -threads (wave scheduler)

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  Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 76/100

  OpenMS/OpenMS#9628 · 4 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 19.6.2026

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• [RFC] Spatial feature detection for imaging MS (with optional ion mobility)

  Evtl. wieder frei @patrick-bo hat das vor 117 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  OpenMS/OpenMS#9433 · 5 Kommentare · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 02.6.2026

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• ThermoRawFile should support PeakFileOptions

  Evtl. wieder frei @jpfeuffer hat das vor 131 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  OpenMS/OpenMS#9427 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 01.6.2026

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• Add chimeric search to ProSE

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  Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

  OpenMS/OpenMS#9422 · Erstellt am 31.5.2026

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• [aw] No-Op Runs

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  agentic-workflows

  Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 5/100

  OpenMS/OpenMS#9402 · 2 Kommentare · Erstellt am 25.5.2026

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• Parquet IO: improve ProteinIdentification identifier architecture

  Evtl. wieder frei @jpfeuffer hat das vor 140 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  OpenMS/OpenMS#9401 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · 2 zugewiesene Personen · Erstellt am 24.5.2026

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• digest of sequence with X might lead to unexpected result

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  bug

  Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

  OpenMS/OpenMS#9303 · 5 Kommentare · Erstellt am 12.5.2026

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• Try build optimizations with Copilot by Microsoft

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  OpenMS/OpenMS#9282 · Erstellt am 10.5.2026

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• ProSE chunked calibration: pool PSMs across first-K main-search chunks to close residual yield gap

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  OpenMS/OpenMS#9184 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 18.4.2026

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• Investigate how easy it is to implement DDA+ in PeptideDatabaseSearchFI

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  OpenMS/OpenMS#9107 · Erstellt am 08.4.2026

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• Feature request: Chimeric spectrum detection / co-isolation enumeration in pyopenms

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  OpenMS/OpenMS#9004 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 26.3.2026

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• FFID: address redundant elution model fitting, background subtraction, and score evaluation

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  OpenMS/OpenMS#8886 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 11.3.2026

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• Investigate loss of AVX support on Windows

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  OpenMS/OpenMS#8845 · 3 Kommentare · Erstellt am 06.3.2026

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• Add tests for large datasets (e.g. run regularly)

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  OpenMS/OpenMS#8788 · 128 Kommentare · Erstellt am 23.2.2026

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• Evaluate new alignment method

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  OpenMS/OpenMS#8746 · 33 Kommentare · Erstellt am 06.2.2026

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• TOPPAS to CWL Converter

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  OpenMS/OpenMS#7710 · 4 Kommentare · 2 Reaktionen · Erstellt am 27.11.2024

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• incomplete error message about JSON input error

  Evtl. wieder frei @santhosh-7777 hat das vor 186 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen

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  Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 40/100

  OpenMS/OpenMS#7708 · 2 Kommentare · Erstellt am 27.11.2024

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