BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable() mistakes Torque for SGE

オープン

#128 2020年11月25日に作成コメント 0 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 3/5
見積もり時間: 1〜2日
初心者へのやさしさ: 48/100

issue の種類: バグ
明瞭さ: おおむね明確
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: distributed-systems

調査の方向性

Start with R/BatchtoolsParam-class.R, especially the linked detection logic around lines 41–60, and review how qstat and qselect are used for SGE and Torque. Reproduce the reported checks where possible. Done means .batchtoolsClusterAvailable("sge") and .batchtoolsClusterAvailable("torque") distinguish the two schedulers rather than both returning TRUE.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Not sure whether or not false positives are expected or not, but on a Torque/PBS cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("sge") returns TRUE (with BiocParallel 1.25.1):

> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
     sge    slurm      lsf openlava   torque 
    TRUE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE

Vice versa, on an SGE cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("torque") returns TRUE:

> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
     sge    slurm      lsf openlava   torque 
    TRUE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE

The problem seems to be that both SGE and Torque got qstat and qselect commands;

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/d762d9ee5238ccd1026fd9158f87d799453c9eb2/R/BatchtoolsParam-class.R#L41-L60

主要言語: R
スター: 69
フォーク: 32
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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