BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable() mistakes Torque for SGE
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评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 1-2 天
- 新手友好度
- 48/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- r
调研方向
Start with R/BatchtoolsParam-class.R, especially the linked detection logic around lines 41–60, and review how qstat and qselect are used for SGE and Torque. Reproduce the reported checks where possible. Done means .batchtoolsClusterAvailable("sge") and .batchtoolsClusterAvailable("torque") distinguish the two schedulers rather than both returning TRUE.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Not sure whether or not false positives are expected or not, but on a Torque/PBS cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("sge") returns TRUE (with BiocParallel 1.25.1):
> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
sge slurm lsf openlava torque
TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE
Vice versa, on an SGE cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("torque") returns TRUE:
> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
sge slurm lsf openlava torque
TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE
The problem seems to be that both SGE and Torque got qstat and qselect commands;
- 主要语言
- R
- 星标
- 69
- 派生
- 32
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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