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BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable() mistakes Torque for SGE

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
48/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
distributed-systems

Direzione di ricerca

Start with R/BatchtoolsParam-class.R, especially the linked detection logic around lines 41–60, and review how qstat and qselect are used for SGE and Torque. Reproduce the reported checks where possible. Done means .batchtoolsClusterAvailable("sge") and .batchtoolsClusterAvailable("torque") distinguish the two schedulers rather than both returning TRUE.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Not sure whether or not false positives are expected or not, but on a Torque/PBS cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("sge") returns TRUE (with BiocParallel 1.25.1):

> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
     sge    slurm      lsf openlava   torque 
    TRUE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE

Vice versa, on an SGE cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("torque") returns TRUE:

> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
     sge    slurm      lsf openlava   torque 
    TRUE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE

The problem seems to be that both SGE and Torque got qstat and qselect commands;

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/d762d9ee5238ccd1026fd9158f87d799453c9eb2/R/BatchtoolsParam-class.R#L41-L60

Lingua principale
R
Stelle
69
Fork
32
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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