Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable() mistakes Torque for SGE

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#128 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
48/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
distributed-systems

Hướng nghiên cứu

Start with R/BatchtoolsParam-class.R, especially the linked detection logic around lines 41–60, and review how qstat and qselect are used for SGE and Torque. Reproduce the reported checks where possible. Done means .batchtoolsClusterAvailable("sge") and .batchtoolsClusterAvailable("torque") distinguish the two schedulers rather than both returning TRUE.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Not sure whether or not false positives are expected or not, but on a Torque/PBS cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("sge") returns TRUE (with BiocParallel 1.25.1):

> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
     sge    slurm      lsf openlava   torque 
    TRUE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE

Vice versa, on an SGE cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("torque") returns TRUE:

> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
     sge    slurm      lsf openlava   torque 
    TRUE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE

The problem seems to be that both SGE and Torque got qstat and qselect commands;

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/d762d9ee5238ccd1026fd9158f87d799453c9eb2/R/BatchtoolsParam-class.R#L41-L60

Ngôn ngữ chính
R
Star
69
Fork
32
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/BiocParallel

Tất cả issue của Bioconductor/BiocParallel

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.