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BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable() mistakes Torque for SGE

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
48/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
distributed-systems

Línea de trabajo

Start with R/BatchtoolsParam-class.R, especially the linked detection logic around lines 41–60, and review how qstat and qselect are used for SGE and Torque. Reproduce the reported checks where possible. Done means .batchtoolsClusterAvailable("sge") and .batchtoolsClusterAvailable("torque") distinguish the two schedulers rather than both returning TRUE.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Not sure whether or not false positives are expected or not, but on a Torque/PBS cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("sge") returns TRUE (with BiocParallel 1.25.1):

> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
     sge    slurm      lsf openlava   torque 
    TRUE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE

Vice versa, on an SGE cluster, BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable("torque") returns TRUE:

> sapply(c("sge", "slurm", "lsf", "openlava", "torque"), BiocParallel:::.batchtoolsClusterAvailable)
     sge    slurm      lsf openlava   torque 
    TRUE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE

The problem seems to be that both SGE and Torque got qstat and qselect commands;

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/d762d9ee5238ccd1026fd9158f87d799453c9eb2/R/BatchtoolsParam-class.R#L41-L60

Lenguaje dominante
R
Estrellas
69
Forks
32
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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