Parallelization problems on Ubuntu
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- r
調査の方向性
Start with the supplied OUTRIDER reproducer using MulticoreParam(2, 20) and the first bplapply call, then read the linked OUTRIDER issue 18 for related context. Compare MulticoreParam and Snow behavior on Ubuntu with SerialParam and CentOS; done means the parallel run returns normally or the platform or BLAS/LAPACK cause is clearly identified.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I'm not sure where the problem is and maybe you can help finding the root of it.
When using OUTRIDER on a CentOS 7.7 machine MulticoreParam works perfectly. But on Ubuntu it stucks after the first bplapply call and does not return anything. When using SerialParam it goes through normally on both CentOS and Ubuntu. It does not matter if we use Multicore or Snow. Coult the the multithreaded BLAS and LAPACK versions from Ubuntu cause the problem?
For more details have a look here https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER/issues/18
This is how to reproduce the problem on my laptop:
if (!requireNamespace("OUTRIDER", quietly=TRUE))
BiocManager::install("OUTRIDER")
library(OUTRIDER)
download.file("https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER/files/3898551/all_fib_cts.gz", "cts.gz")
ods <- OutriderDataSet(countData=read.table("cts.gz"))
ods <- filterExpression(ods, minCounts=TRUE)
register(MulticoreParam(2, 20, progressbar=TRUE))
ods <- OUTRIDER(ods, verbose=TRUE)
Thanks for any help.
- 主要言語
- R
- スター
- 69
- フォーク
- 32
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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