Parallelization problems on Ubuntu
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- distributed-systems
Línea de trabajo
Start with the supplied OUTRIDER reproducer using MulticoreParam(2, 20) and the first bplapply call, then read the linked OUTRIDER issue 18 for related context. Compare MulticoreParam and Snow behavior on Ubuntu with SerialParam and CentOS; done means the parallel run returns normally or the platform or BLAS/LAPACK cause is clearly identified.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I'm not sure where the problem is and maybe you can help finding the root of it.
When using OUTRIDER on a CentOS 7.7 machine MulticoreParam works perfectly. But on Ubuntu it stucks after the first bplapply call and does not return anything. When using SerialParam it goes through normally on both CentOS and Ubuntu. It does not matter if we use Multicore or Snow. Coult the the multithreaded BLAS and LAPACK versions from Ubuntu cause the problem?
For more details have a look here https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER/issues/18
This is how to reproduce the problem on my laptop:
if (!requireNamespace("OUTRIDER", quietly=TRUE))
BiocManager::install("OUTRIDER")
library(OUTRIDER)
download.file("https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER/files/3898551/all_fib_cts.gz", "cts.gz")
ods <- OutriderDataSet(countData=read.table("cts.gz"))
ods <- filterExpression(ods, minCounts=TRUE)
register(MulticoreParam(2, 20, progressbar=TRUE))
ods <- OUTRIDER(ods, verbose=TRUE)
Thanks for any help.
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 69
- Forks
- 32
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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