Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Parallelization problems on Ubuntu

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#106 5 bình luận 2 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
distributed-systems

Hướng nghiên cứu

Start with the supplied OUTRIDER reproducer using MulticoreParam(2, 20) and the first bplapply call, then read the linked OUTRIDER issue 18 for related context. Compare MulticoreParam and Snow behavior on Ubuntu with SerialParam and CentOS; done means the parallel run returns normally or the platform or BLAS/LAPACK cause is clearly identified.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

I'm not sure where the problem is and maybe you can help finding the root of it.

When using OUTRIDER on a CentOS 7.7 machine MulticoreParam works perfectly. But on Ubuntu it stucks after the first bplapply call and does not return anything. When using SerialParam it goes through normally on both CentOS and Ubuntu. It does not matter if we use Multicore or Snow. Coult the the multithreaded BLAS and LAPACK versions from Ubuntu cause the problem?

For more details have a look here https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER/issues/18

This is how to reproduce the problem on my laptop:

if (!requireNamespace("OUTRIDER", quietly=TRUE))
    BiocManager::install("OUTRIDER")

library(OUTRIDER)
download.file("https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER/files/3898551/all_fib_cts.gz", "cts.gz")
ods <- OutriderDataSet(countData=read.table("cts.gz"))
ods <-  filterExpression(ods, minCounts=TRUE)

register(MulticoreParam(2, 20, progressbar=TRUE))
ods <- OUTRIDER(ods, verbose=TRUE)

Thanks for any help.

Ngôn ngữ chính
R
Star
69
Fork
32
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/BiocParallel

Tất cả issue của Bioconductor/BiocParallel

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.