Parallelization problems on Ubuntu
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- distributed-systems
Direzione di ricerca
Start with the supplied OUTRIDER reproducer using MulticoreParam(2, 20) and the first bplapply call, then read the linked OUTRIDER issue 18 for related context. Compare MulticoreParam and Snow behavior on Ubuntu with SerialParam and CentOS; done means the parallel run returns normally or the platform or BLAS/LAPACK cause is clearly identified.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I'm not sure where the problem is and maybe you can help finding the root of it.
When using OUTRIDER on a CentOS 7.7 machine MulticoreParam works perfectly. But on Ubuntu it stucks after the first bplapply call and does not return anything. When using SerialParam it goes through normally on both CentOS and Ubuntu. It does not matter if we use Multicore or Snow. Coult the the multithreaded BLAS and LAPACK versions from Ubuntu cause the problem?
For more details have a look here https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER/issues/18
This is how to reproduce the problem on my laptop:
if (!requireNamespace("OUTRIDER", quietly=TRUE))
BiocManager::install("OUTRIDER")
library(OUTRIDER)
download.file("https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER/files/3898551/all_fib_cts.gz", "cts.gz")
ods <- OutriderDataSet(countData=read.table("cts.gz"))
ods <- filterExpression(ods, minCounts=TRUE)
register(MulticoreParam(2, 20, progressbar=TRUE))
ods <- OUTRIDER(ods, verbose=TRUE)
Thanks for any help.
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 69
- Fork
- 32
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Non abbiamo ancora controllato i file di configurazione di questo progetto. Parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di Bioconductor/BiocParallel
-
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100
Bioconductor/BiocParallel#286 · 1 commento ·
-
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 50/100
Bioconductor/BiocParallel#285 ·
-
futile.logger may be archived from CRANForse di nuovo libera @Jiefei-Wang l’ha presa 266 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
Bioconductor/BiocParallel#284 · 2 commenti · 1 assegnatario ·
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
Bioconductor/BiocParallel#283 · 2 commenti ·
-
DoparParam: Captured stdout is relayed to stdout for some foreach adapters and stderr for othersAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
Bioconductor/BiocParallel#277 ·
Tutte le issue di Bioconductor/BiocParallel
Issue simili
-
Difficoltà 2/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 78/100
ThinkR-open/datadiff#59 ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100
duckdb/duckdb-r#2773 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
tidymodels/parsnip#1444 ·
I maintainer di solito rispondono entro 4 giorni
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100