Create ITS OTU-Taxon linker
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Start by reading issue #5, since its result determines whether ITS IDs can be accepted or taxon matching requires additional work. Define the OTU-Taxon linker workflow around the known and “no BLAST” OTUs, and consider the work done when consensus IDs and confidence levels are recorded for the applicable results.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
-
If #5 suggests ITS ids ok, then in OTU-Taxon linker file, those IDs should be marked as "consensus" ids
-
If #5 suggests that we need to do our own work on taxon matching, BLAST all "known" OTUs to extract match data to create our own consensus IDs
-
Add the results from BLASTing the "no BLAST" OTUs, decide if we can create consensus IDS from those and what level of confidence we have in those results
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 0
- Fork
- 1
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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