Format fecal data to relative reads
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- data-engineering
Direzione di ricerca
Start by reviewing the fecal_sample_collection entries and the trnL_fecal, weetu_fecal_data, and ITS_fecal_data datasets mentioned in the checklist. Confirm which total-read fields are present, identify the remaining datasets requiring relative reads, and determine the repository's existing approach to data-processing scripts. Done means the remaining total-read fields and relative-read conversions are complete and a reusable script is documented or added.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
We decided to convert raw reads to relative reads for the fecal_data files because the fecal data we will be using as relative reads and converting them to relatives every time will become computationally expensive as the dataset grows. To be able to convert back to raw reads, we are adding total reads to the sample entries in fecal_sample_collection.
-
Add TrnL total reads to fecal_sample_collection
-
Add ITS total reads to fecal_sample_collection
-
Make sure data is in relative reads in trnL_fecal data
-
Make sure data is in relative reads in weetu_fecal_data
-
Make sure data is in relative reads in ITS_fecal_data
-
Write script to make this process simpler in the future
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 0
- Fork
- 1
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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