Create ITS OTU-Taxon linker
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 20/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Start by reading issue #5, since its result determines whether ITS IDs can be accepted or taxon matching requires additional work. Define the OTU-Taxon linker workflow around the known and “no BLAST” OTUs, and consider the work done when consensus IDs and confidence levels are recorded for the applicable results.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
-
If #5 suggests ITS ids ok, then in OTU-Taxon linker file, those IDs should be marked as "consensus" ids
-
If #5 suggests that we need to do our own work on taxon matching, BLAST all "known" OTUs to extract match data to create our own consensus IDs
-
Add the results from BLASTing the "no BLAST" OTUs, decide if we can create consensus IDS from those and what level of confidence we have in those results
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 0
- Fork
- 1
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của weecology/Metabarcoding
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
weecology/Metabarcoding#26 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
weecology/Metabarcoding#24 ·
-
Clean plant taxonomyĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
weecology/Metabarcoding#22 ·
-
Remove hard pathsĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
weecology/Metabarcoding#15 · 6 bình luận ·
-
Create ITS OTU pipelineĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
weecology/Metabarcoding#14 · 1 bình luận ·
Tất cả issue của weecology/Metabarcoding
Issue tương tự
-
How is TSS clculated by biomod2Đang mởmodeling question
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
eduaguilera/whep#1489 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 66/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Manual of AZTrees out of dateĐang mở
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 94/100
tdhock/mlr3resampling#107 ·
-
Warning from lst() : object length is not a multiple of subscript lengthCó thể đã có người làm Có pull request liên kết đang mở hoặc đã được merge. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100