Create ITS OTU-Taxon linker
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 20/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Start by reading issue #5, since its result determines whether ITS IDs can be accepted or taxon matching requires additional work. Define the OTU-Taxon linker workflow around the known and “no BLAST” OTUs, and consider the work done when consensus IDs and confidence levels are recorded for the applicable results.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
-
If #5 suggests ITS ids ok, then in OTU-Taxon linker file, those IDs should be marked as "consensus" ids
-
If #5 suggests that we need to do our own work on taxon matching, BLAST all "known" OTUs to extract match data to create our own consensus IDs
-
Add the results from BLASTing the "no BLAST" OTUs, decide if we can create consensus IDS from those and what level of confidence we have in those results
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 0
- Forks
- 1
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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