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Refactor Xenium + Visium paths and use better names

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Refactoring
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
jupyter-notebook, python
Ambito
documentation

Direzione di ricerca

Inizia con i percorsi in 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb e 02_xenium_and_visium.ipynb, quindi verifica come config.py dovrebbe contenerli. Aggiorna i notebook affinché utilizzino manual_annotations.zarr invece di sandbox.zarr e verifica che tutti i percorsi siano centralizzati e che venga fatto riferimento alla copia S3 rinominata.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

  • all the paths used in notebooks 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb and 02_xenium_and_visium.ipynb should be placed in a config.py file
  • sandbox.zarr was a poorly chosen name, rename it to manual_annotations.zarr. I have already made a copy in the S3 bucket of that file (so that now both sandbox.zarr.zip and manual_annotations.zarr.zip are present), so one needs just to adjust the notebooks.
Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
67
Fork
26
Merge medio
4m
PR unite (30g)
1

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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