Refactor Xenium + Visium paths and use better names
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评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 1-2 天
- 新手友好度
- 45/100
- Issue 类型
- 重构
- 描述清晰度
- 描述清楚
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- jupyter-notebook, python
调研方向
从 00_xenium_and_visium.ipynb、01_xenium_and_visium.ipynb 和 02_xenium_and_visium.ipynb 中的路径开始，然后检查 config.py 应如何保存这些路径。更新 notebooks，使其使用 manual_annotations.zarr 而不是 sandbox.zarr，并验证所有路径都已集中管理，且引用的是重命名后的 S3 副本。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
- all the paths used in notebooks
00_xenium_and_visium.ipynb,01_xenium_and_visium.ipynband02_xenium_and_visium.ipynbshould be placed in aconfig.pyfile -
sandbox.zarrwas a poorly chosen name, rename it tomanual_annotations.zarr. I have already made a copy in the S3 bucket of that file (so that now bothsandbox.zarr.zipandmanual_annotations.zarr.zipare present), so one needs just to adjust the notebooks.
- 主要语言
- Jupyter Notebook
- 星标
- 67
- 派生
- 26
- 平均合并
- 4 分钟
- 30 天内合并 PR
- 1
贡献指南
这个仓库没有索引到贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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