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Refactor Xenium + Visium paths and use better names

Ouverte
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Évaluation

Difficulté
3/5
Temps estimé
1-2 jours
Accessibilité débutants
45/100
Type d'issue
Refactorisation
Clarté
Clairement spécifiée
Activité
À l'abandon
Stack technique
jupyter-notebook, python
Domaine
documentation

Piste de recherche

Commencez par les chemins dans 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb et 02_xenium_and_visium.ipynb, puis examinez comment config.py devrait les contenir. Mettez à jour les notebooks pour utiliser manual_annotations.zarr au lieu de sandbox.zarr et vérifiez que tous les chemins sont centralisés et que la copie S3 renommée est référencée.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

  • all the paths used in notebooks 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb and 02_xenium_and_visium.ipynb should be placed in a config.py file
  • sandbox.zarr was a poorly chosen name, rename it to manual_annotations.zarr. I have already made a copy in the S3 bucket of that file (so that now both sandbox.zarr.zip and manual_annotations.zarr.zip are present), so one needs just to adjust the notebooks.
Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
67
Forks
26
Merge moyen
4 min
PR mergées (30 j)
1

Préparer son environnement

Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

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