Xenium Fails to read third party segmentation
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 48/100
Línea de trabajo
Comienza en el punto de entrada spatialdata_io.xenium() y reproduce el fallo con un conjunto de datos importado por Proseg que contenga solo una máscara de segmentación. Rastrea cómo se gestionan cells_labels y nucleus_boundaries y, a continuación, verifica que los conjuntos de datos compatibles con una sola máscara se carguen correctamente sin romper las estructuras estándar de Xenium.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
spatialdata_io.xenium() assumes the dataset contains both nucleus and cell segmentation masks as in the standard Xenium structure. E.g. Proseg-imported segmentation only contains a single segmentation mask and therefore cant be loaded properly. Also setting
cells_labels=False
nucleus_boundaries=False
does not solve the issue.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 105
- Forks
- 64
- Merge medio
- 17 d 22 h
- PR fusionados (30 d)
- 2
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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