Xenium Fails to read third party segmentation
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 48/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu tại điểm vào spatialdata_io.xenium() và tái hiện lỗi với một dataset được Proseg nhập vào chỉ chứa một mặt nạ phân đoạn. Theo dõi cách cells_labels và nucleus_boundaries được xử lý, sau đó xác minh rằng các dataset một mặt nạ được hỗ trợ tải đúng cách mà không làm hỏng các cấu trúc Xenium tiêu chuẩn.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
spatialdata_io.xenium() assumes the dataset contains both nucleus and cell segmentation masks as in the standard Xenium structure. E.g. Proseg-imported segmentation only contains a single segmentation mask and therefore cant be loaded properly. Also setting
cells_labels=False
nucleus_boundaries=False
does not solve the issue.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 105
- Fork
- 64
- Merge trung bình
- 17 ngày 22 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 2
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của scverse/spatialdata-io
-
documentation
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 bình luận ·
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 bình luận ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formatsCó thể đã có người làm @adamjtaylor đã nhận 91 ngày trước. Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 reaction ·
-
Visium in matrix market formatĐang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
Tất cả issue của scverse/spatialdata-io
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100
zach-blumenfeld/aip#13 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 80/100
nathanmarlor/foxess_modbus#1287 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày
-
bug good first issue help wanted
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 84/100
OpenLakeForge/openlakeforge#498 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
good first issue hacktoberfest help wanted python
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 73/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Exact onnxruntime==1.27.0 core pin makes Pipecat-based apps uninstallable from the dashboardĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 69/100
pollen-robotics/reachy_mini#1493 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày