Error reading Xenium data: morphology file missing
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 42/100
Línea de trabajo
Empieza reproduciendo el fallo mediante spatialdata_io.xenium() con el conjunto de datos Xenium Onboard Analysis 4.0.0 descrito aquí y, después, compara el comportamiento con el issue #361. Sigue cómo el reader localiza la imagen de morfología; se considera terminado cuando se pueda leer un conjunto de datos que contenga morphology.ome.tif sin buscar morphology_mip.ome.tif.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
While trying to read Xenium data with spatialdata_io.xenium(), I get the following error:
The file "path/to/xenium/data/morphology_mip.ome.tif" does not exist.
Inspecting the folder shows that the file is actually named:
morphology.ome.tif
The dataset and software versions are the same as in issue #361:
spatialdata_ioversion: 0.6.0- Xenium platform: Xenium Onboard Analysis 4.0.0
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 103
- Forks
- 64
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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