Use `scanpy` for reading matrixes
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Evaluación
- Dificultad
- 2/5
- Tiempo estimado
- 1-3 horas
- Aptitud para principiantes
- 55/100
Línea de trabajo
Comienza con src/spatialdata_io/readers/_utils/_read_10x_h5.py y compara su implementación personalizada para la lectura de matrices con la funcionalidad correspondiente de scanpy. Sustituye la implementación copiada por el uso directo de la dependencia scanpy existente; se considera terminado cuando se haya eliminado el código personalizado y la lectura de matrices siga funcionando como antes.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
We currently have a the custom implementation for reading matrices (copied from scanpy) in https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/main/src/spatialdata_io/readers/_utils/_read_10x_h5.py.
I would remove that code and use directly scanpy, which is already a dependency. I think initially the code was copied to minimize the number of dependencies (@giovp what this the case?) but then we chose to add scanpy anyway.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 103
- Forks
- 64
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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