Use `scanpy` for reading matrixes
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评估
调研方向
从 src/spatialdata_io/readers/_utils/_read_10x_h5.py 开始，将其自定义的矩阵读取实现与对应的 scanpy 功能进行比较。用直接使用现有 scanpy 依赖的方式替换复制的实现；当自定义代码被移除且矩阵读取仍像以前一样正常工作时，即视为完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
We currently have a the custom implementation for reading matrices (copied from scanpy) in https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/main/src/spatialdata_io/readers/_utils/_read_10x_h5.py.
I would remove that code and use directly scanpy, which is already a dependency. I think initially the code was copied to minimize the number of dependencies (@giovp what this the case?) but then we chose to add scanpy anyway.
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 64
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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