VisiumHD: load scalefactor microns_per_pixel in anndata
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Empieza con el lector VisiumHD e inspecciona cómo se analizan y representan actualmente los metadatos de imagen en AnnData. Identifica el origen del valor de micras por píxel, guárdalo en AnnData y verifica que la carga de VisiumHD conserve el valor para la segmentación posterior.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hello,
Segmentation of nuclei on VisiumHD H&E image might require (at least for StarDist segmentation model) to have the micron per pixel information (since pre trained models can be trained on H&E images with different micron per pixel ratio, it is sometimes needed to rescale the image).
Could it be possibe for the visiumHD reader to parse this info and store it somewhere in the Anndata ? Thank you very much !
Alexis
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 105
- Forks
- 64
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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