VisiumHD: load scalefactor microns_per_pixel in anndata
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评估
调研方向
从 VisiumHD reader 开始，检查当前如何解析图像元数据并在 AnnData 中表示这些元数据。确定每像素微米值的来源，将其存储在 AnnData 中，并验证 VisiumHD 的加载是否为下游分割保留该值。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hello,
Segmentation of nuclei on VisiumHD H&E image might require (at least for StarDist segmentation model) to have the micron per pixel information (since pre trained models can be trained on H&E images with different micron per pixel ratio, it is sometimes needed to rescale the image).
Could it be possibe for the visiumHD reader to parse this info and store it somewhere in the Anndata ? Thank you very much !
Alexis
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 65
- 平均合并
- 1 小时 8 分钟
- 30 天内合并 PR
- 3
环境准备
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- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
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