Populate ome context
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Inizia leggendo il protocollo bidsschematools.types.protocols.Ome e la documentazione correlata di bidsschematools.types.context. Valuta ome-zarr-py per i file .ome.zarr e ome-types per i file .ome.tif/.ome.btf, concentrandoti sull’accesso rapido ai metadati anziché sull’accesso agli array. Il lavoro è considerato completato quando ogni suffisso elencato popola un oggetto conforme al protocollo Ome.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
If a file suffix is .ome.tif or .ome.btf or .ome.zarr, it should populate the ome context.
The object needs to follow the protocol bidsschematools.types.protocols.Ome, possibly just using bidsschematools.types.context.Gzip.
For .ome.zarr files, https://github.com/ome/ome-zarr-py is probably the right tool for the job. For .ome.tif/.ome.btf, I think https://github.com/tlambert03/ome-types looks like the right thing. The OME group discussed deprecating their own Python bindings for this project in https://github.com/ome/ome-model/issues/194. It seems like there isn't a lack of options: https://pypi.org/search/?q=ome
Note that our concern is fast metadata access, not data array access.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 10
- Fork
- 7
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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