Populate ome context
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách đọc protocol bidsschematools.types.protocols.Ome và tài liệu liên quan của bidsschematools.types.context. Đánh giá ome-zarr-py cho các tệp .ome.zarr và ome-types cho các tệp .ome.tif/.ome.btf, tập trung vào việc truy cập metadata nhanh thay vì truy cập array. Công việc được coi là hoàn tất khi mỗi hậu tố được liệt kê tạo ra một object tuân theo protocol Ome.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
If a file suffix is .ome.tif or .ome.btf or .ome.zarr, it should populate the ome context.
The object needs to follow the protocol bidsschematools.types.protocols.Ome, possibly just using bidsschematools.types.context.Gzip.
For .ome.zarr files, https://github.com/ome/ome-zarr-py is probably the right tool for the job. For .ome.tif/.ome.btf, I think https://github.com/tlambert03/ome-types looks like the right thing. The OME group discussed deprecating their own Python bindings for this project in https://github.com/ome/ome-model/issues/194. It seems like there isn't a lack of options: https://pypi.org/search/?q=ome
Note that our concern is fast metadata access, not data array access.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 10
- Fork
- 7
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của bids-standard/python-validator
-
Add a structured issues model and emit findings from the filename validatorCó thể đã có người làm @karellopez đã nhận 80 ngày trước. Đang mởenhancement
bids-standard/python-validator#85 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
Populate associations contextCó thể làm lại được @ubdbra001 đã nhận 114 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bids-standard/python-validator#82 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
-
performance
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
-
Validate DerivativesCó thể đã có người làm @bendhouseart đã nhận 297 ngày trước. Đang mởenhancement
bids-standard/python-validator#62 · 1 người được giao ·
Tất cả issue của bids-standard/python-validator
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 86/100
-
Validate finite output clamping limits in StepPredictor.prepare_clamping_params to prevent silent NaN/Inf propagationCó thể đã có người làm @muskan-creates352 đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 84/100
mllam/neural-lam#848 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
infra
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
fab-geocommuns/RNB-coeur#1166 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
deepspeedai/DeepSpeed#8951 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
aws/context-ontology-accelerator#343 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày