Populate ome context
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評価
調査の方向性
まず bidsschematools.types.protocols.Ome プロトコルと、関連する bidsschematools.types.context のドキュメントを読んでください。.ome.zarr ファイルには ome-zarr-py を、.ome.tif/.ome.btf ファイルには ome-types を評価し、配列へのアクセスではなくメタデータへの高速なアクセスに重点を置いてください。列挙された各サフィックスが Ome プロトコルに準拠するオブジェクトを生成すれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
If a file suffix is .ome.tif or .ome.btf or .ome.zarr, it should populate the ome context.
The object needs to follow the protocol bidsschematools.types.protocols.Ome, possibly just using bidsschematools.types.context.Gzip.
For .ome.zarr files, https://github.com/ome/ome-zarr-py is probably the right tool for the job. For .ome.tif/.ome.btf, I think https://github.com/tlambert03/ome-types looks like the right thing. The OME group discussed deprecating their own Python bindings for this project in https://github.com/ome/ome-model/issues/194. It seems like there isn't a lack of options: https://pypi.org/search/?q=ome
Note that our concern is fast metadata access, not data array access.
- 主要言語
- Python
- スター
- 10
- フォーク
- 7
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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