Populate ome context
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Anfängerfreundlichkeit
- 35/100
Rechercherichtung
Beginnen Sie mit der Lektüre des bidsschematools.types.protocols.Ome-Protokolls und der zugehörigen Dokumentation zu bidsschematools.types.context. Bewerten Sie ome-zarr-py für .ome.zarr-Dateien und ome-types für .ome.tif/.ome.btf-Dateien, wobei der Schwerpunkt auf schnellem Zugriff auf Metadaten statt auf Array-Zugriff liegt. Als abgeschlossen gilt die Aufgabe, wenn jedes aufgeführte Suffix ein Objekt befüllt, das dem Ome-Protokoll entspricht.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
If a file suffix is .ome.tif or .ome.btf or .ome.zarr, it should populate the ome context.
The object needs to follow the protocol bidsschematools.types.protocols.Ome, possibly just using bidsschematools.types.context.Gzip.
For .ome.zarr files, https://github.com/ome/ome-zarr-py is probably the right tool for the job. For .ome.tif/.ome.btf, I think https://github.com/tlambert03/ome-types looks like the right thing. The OME group discussed deprecating their own Python bindings for this project in https://github.com/ome/ome-model/issues/194. It seems like there isn't a lack of options: https://pypi.org/search/?q=ome
Note that our concern is fast metadata access, not data array access.
- Vorherrschende Sprache
- Python
- Sterne
- 10
- Forks
- 7
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Entwicklungsumgebung
- Kein Dockerfile und keine Docker-Compose-Datei
- Keine Pull-Request-Vorlage
- Beitragsleitfaden lesen
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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