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context.entities should be keyed based on the entity long name

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
python
Ambito
backend

Direzione di ricerca

Inizia esaminando il mapping da tipo di dato a modalità in context.py e i dati schema.objects.entities menzionati nella issue. Leggi l’approccio BIDSSchemaAdapter della PR #74 e analizza come l’oggetto Dataset potrebbe contenerlo. Il lavoro è completato quando le chiavi delle entità usano nomi lunghi come "subject" invece di nomi brevi come "sub", riutilizzando il mapping dello schema tramite le funzioni private pertinenti.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Noticed while reviewing #71: entities["sub"] is populated, rather than entities["subject"].

The schema consistently uses the long name, not the short name. This means we'll need to look up the mapping from schema.objects.entities, and we should probably do that once per schema.

I recently introduced https://github.com/childmindresearch/bids2table/pull/74 as a method for mapping schema specifiers onto an adapter class that extracts the bits the library actually needs. The basic idea is:

SchemaSpec: ty.TypeAlias = Namespace | os.PathLike[str] | str | None

def load_bids_schema(spec: SchemaSpec = None) -> BIDSSchemaAdapter: ...

def public_function(*args, schema: SchemaSpec = None) -> ReturnType:
    return _private_function(*args, adapter=load_bids_schema(schema))

def _private_function(*args, adapter: BIDSSchemaAdapter) -> ReturnType: ...

BIDSSchemaAdapter is never exposed as a public API, but is able to be passed around cheaply throughout private functions.

We can start by replacing the datatype-to-modality map:

https://github.com/bids-standard/python-validator/blob/e85ad33d52bb113952b0e45a11e0051fe870917a/src/bids_validator/context.py#L54-L63

And a short-to-long entity name map would be good to have.

Need to consider how to actually thread this through. I suspect we attach the adapter to the Dataset object, so it's always available to the individual context.

Lingua principale
Python
Stelle
10
Fork
7
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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