Parent Issue: Functions for investigating networks
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- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
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- 20/100
Direzione di ricerca
Start by reviewing issue 239 and the requested network-analysis scope: node neighbors, community detection, global properties, and topological overlap. The issue mentions weighted stochastic block models and igraph_community_leiden as possible directions, but leaves the algorithm and completion criteria undecided; clarify those before implementation.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
We should do this sooner than expected, because it's a dependency for the Microbiome Paper.
- https://github.com/VEuPathDB/plot.data/issues/239
- make a function to get a node's neighbors
- implement community detection algorithm. Consider (weighted) stochastic block model (ex) or possibly
igraph_community_leiden. tbd. - Some global property like core-periphery ness or small worldness (weighted version).
- Topological overlap
Should have some local (based around a node and its direct neighbors), some mesoscale, and a few global (though that's probably less important in this context).
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 1
- Fork
- 0
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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