Parent Issue: Functions for investigating networks
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 20/100
Línea de trabajo
Start by reviewing issue 239 and the requested network-analysis scope: node neighbors, community detection, global properties, and topological overlap. The issue mentions weighted stochastic block models and igraph_community_leiden as possible directions, but leaves the algorithm and completion criteria undecided; clarify those before implementation.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
We should do this sooner than expected, because it's a dependency for the Microbiome Paper.
- https://github.com/VEuPathDB/plot.data/issues/239
- make a function to get a node's neighbors
- implement community detection algorithm. Consider (weighted) stochastic block model (ex) or possibly
igraph_community_leiden. tbd. - Some global property like core-periphery ness or small worldness (weighted version).
- Topological overlap
Should have some local (based around a node and its direct neighbors), some mesoscale, and a few global (though that's probably less important in this context).
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 1
- Forks
- 0
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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