Parent Issue: Functions for investigating networks
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Bewertung
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Anfängerfreundlichkeit
- 20/100
Rechercherichtung
Start by reviewing issue 239 and the requested network-analysis scope: node neighbors, community detection, global properties, and topological overlap. The issue mentions weighted stochastic block models and igraph_community_leiden as possible directions, but leaves the algorithm and completion criteria undecided; clarify those before implementation.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
We should do this sooner than expected, because it's a dependency for the Microbiome Paper.
- https://github.com/VEuPathDB/plot.data/issues/239
- make a function to get a node's neighbors
- implement community detection algorithm. Consider (weighted) stochastic block model (ex) or possibly
igraph_community_leiden. tbd. - Some global property like core-periphery ness or small worldness (weighted version).
- Topological overlap
Should have some local (based around a node and its direct neighbors), some mesoscale, and a few global (though that's probably less important in this context).
- Vorherrschende Sprache
- R
- Sterne
- 1
- Forks
- 0
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Entwicklungsumgebung
Startet den Dev-Container des Projekts im Browser, mit Ihrem eigenen GitHub-Konto.
- Kein Dockerfile und keine Docker-Compose-Datei
- Keine Pull-Request-Vorlage
- Kein Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Mehr aus VEuPathDB/plot.data
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Need to look into exports of `toJSON`Evtl. vergeben Ein verknüpfter Pull Request ist offen oder bereits gemergt. Offen
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empty two by twoOffen
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