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compatibleStrand has contradictory definitions (plain function and S4 generic)

Aperta
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@MichaelChirico ci sta già lavorando.

Dal 21/10/2026.

  • #102 di @MichaelChirico — aperta

Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
r
Ambito
backend

Direzione di ricerca

Read R/findOverlaps-methods.R around lines 249–251, R/strand-utils.R around lines 160–162, and the Collate entries in DESCRIPTION. Start by tracing how the S4 generic and plain function are loaded during package build, then inspect the reported generic metadata checks. Done means the generic and methods remain registered consistently after loading the package; the issue leaves the correct fix undecided.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

https://github.com/Bioconductor/GenomicRanges/blob/44c311c711b9a5a5d6db070a8f3210819e4bc9de/R/findOverlaps-methods.R#L249-L251

https://github.com/Bioconductor/GenomicRanges/blob/44c311c711b9a5a5d6db070a8f3210819e4bc9de/R/strand-utils.R#L160-L162

Because the S4 registration precedes the plain function (due to Collate):

https://github.com/Bioconductor/GenomicRanges/blob/44c311c711b9a5a5d6db070a8f3210819e4bc9de/DESCRIPTION#L51-L55

The S4 generic + methods get left for dead once the findOverlaps-methods is evaluated during package build. This leaves the S4 metadata in a broken state:

"compatibleStrand" %in% getGenerics(ns)
# [1] TRUE
isGeneric("compatibleStrand", where=ns)
# [1] FALSE
getGeneric("compatibleStrand", where=ns)
# NULL
showMethods("compatibleStrand", where=ns)
# Function "compatibleStrand":
#  <not an S4 generic function>

I don't know enough about the package to judge what the correct fix is here.

This came up while workshopping https://github.com/r-devel/r-svn/pull/395 because it's one of two packages I found that violate a key assumption that the internal methods table has the correct information about internal generics.

Lingua principale
R
Stelle
47
Fork
22
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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