`pk.calc.time_above()` with lin-up/log-down silently drops segments that end at a negative value

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Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
79/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
r
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia individuando pk.calc.time_above() e la sua classificazione dei segmenti lin-up/log-down; confronta questa logica con il fallback lineare del calcolo dell’AUC. Aggiungi test per i due esempi con valori negativi, per i risultati invariati con tutti i valori positivi e per un segmento che termina a zero. Il lavoro è terminato quando ogni segmento che attraversa lo zero viene conteggiato una sola volta e i totali riportati corrispondono agli esempi.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Summary

In the lin-up/log-down branch, a segment that crosses from above to below the threshold is classified as linear_down only when conc2 == 0, and as log_down only when conc2 > 0. When conc2 < 0 it is neither, so the segment adds nothing to the total.

This matters for PD data: change from baseline, or effects with negative values. The only signal is the generic "Negative concentrations found" warning. A negative threshold over all-negative data returns 0.

Reprex
library(PKNCA)
# Exact (linear interpolation): 1/3 + 3/5 + 3/4 = 1.6833
suppressWarnings(pk.calc.time_above(conc = c(1, -2, 3, -1), time = 0:3, conc_above = 0, method = "linear"))
#> 1.683333
suppressWarnings(pk.calc.time_above(conc = c(1, -2, 3, -1), time = 0:3, conc_above = 0, method = "lin up/log down"))
#> 0.6        # only the rising segment is counted

# Negative threshold, both values negative; exact 0.5
suppressWarnings(pk.calc.time_above(conc = c(-1, -3), time = 0:1, conc_above = -2, method = "lin up/log down"))
#> 0
Proposed fix

Use log interpolation only where it is defined, conc1 > conc2 > 0, and linear interpolation for every other falling segment. That matches how the AUC calculation falls back to linear:

log_down    <- conc2 > 0 & conc1 > 0 & conc2 < conc1
linear_down <- !log_down

Then apply mask_first & linear_down and mask_first & log_down, so every crossing segment falls into exactly one branch. An internal check that each mask_first and mask_second segment is counted once would catch regressions of this kind.

Tests to add
  • The two examples above under lin-up/log-down: 1.6833 and 0.5.
  • Results for all-positive data are unchanged.
  • A segment ending exactly at 0 still uses linear interpolation.
Lingua principale
R
Stelle
86
Fork
32
Merge medio
16h 25m
PR unite (30g)
51

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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