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nf-core/sarek

Analysis pipeline to detect germline or somatic variants (pre-processing, variant calling and annotation) from WGS / targeted sequencing

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13 août 2026
Dernier push GitHub
30 juil. 2026
Licence
MIT License
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Code de conduite
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Langage principal
Nextflow
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help wantedgood first issue

Issues

6 issues indexées ouvertes

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Enable Mutect2 force-calling using --alleles flag
enhancementgood first issue
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nf-core / sarek · #1883 · 2 mai 2025 · Nextflow · 589 étoiles

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Tutorial: CNV calling
enhancementhelp wanted
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nf-core / sarek · #1713 · 30 oct. 2024 · Nextflow · 589 étoiles

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Proposals for Sarek Tutorials on use-cases
docshelp wantedtesting
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nf-core / sarek · #1704 · 28 oct. 2024 · Nextflow · 589 étoiles

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Get a full nf-test report in cis
enhancementhelp wanted
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nf-core / sarek · #1699 · 28 oct. 2024 · Nextflow · 589 étoiles

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No status is 0 - but contains tumor only sample error message
bughelp wanted
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nf-core / sarek · #1685 · 11 oct. 2024 · Nextflow · 589 étoiles

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joint genotyping optimal strategy
help wanted
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nf-core / sarek · #923 · 25 janv. 2023 · Nextflow · 589 étoiles

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