nf-core/sarek

Proposals for Sarek Tutorials on use-cases

Ouverte

#1 704 ouverte le 28 oct. 2024

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Description

@edmundmiller and friends :) this is a placeholder to collect ideas to realise additional tutorials on use-cases of sarek Variant Calling is currently being integrated (http://lescai-teaching.github.io/sarek-tutorial/) into sarek repo usage docs. Similar things could be realised for:

  • CNV calling
  • UMI somatic variant calling [ propose others here]

Guide contributeur

Direction de recherche
Identifiez les cas d'utilisation courants de sarek au delà de l'appel de variants standard, tels que l'appel de CNV et l'appel de variants somatiques UMI, et proposez des sujets de tutoriel.
Stack technique
Aucun
Domaine
documentation
Type d'issue
Documentation
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
Moins d'une heure
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Aucun
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
75