nf-core/sarek

No status is 0 - but contains tumor only sample error message

Ouverte

#1 685 ouverte le 11 oct. 2024

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Description

Description of the bug

The sample-sheet only contains tumor-samples, but the following tools, which were requested by the option "tools", expect at least one normal-sample : deepvariant, haplotypecaller

while running with a samplesheet with no status and these tools

Command used and terminal output

No response

Relevant files

No response

System information

No response

Guide contributeur

Direction de recherche
Localisez le code de validation du fichier d'échantillons et tracez comment l'exigence d'échantillon normal est appliquée pour les outils listés. Envisagez de modifier la validation pour n'autoriser que les échantillons tumoraux lorsque les outils appropriés ne sont pas sélectionnés.
Stack technique
Aucun
Domaine
data
Type d'issue
Bug
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Git
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
75