nf-core/sarek

joint genotyping optimal strategy

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#923 ouverte le 25 janv. 2023

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Description

Working with a large-ish dataset (30TB raw reads), and was wondering what a good strategy would be for working with the joint_germline option to get cohort SNP calls. Would it make more sense to try to genotype all individuals together, or parallelize the joint genotyping runs across smaller groups of samples and then filter and combine with bcftools across jointgermline outputs?

Guide contributeur

Direction de recherche
Comparez les avantages et les inconvénients du génotypage conjoint de tous les échantillons ensemble par rapport à la parallélisation en groupes plus petits, en tenant compte des ressources informatiques et de la précision.
Stack technique
Aucun
Domaine
backend
Type d'issue
Recherche
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Aucun
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
70