nf-core/sarek

Enable Mutect2 force-calling using --alleles flag

Ouverte

#1 883 ouverte le 2 mai 2025

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Description

Description of feature

Would it be possible to expose the --alleles flag for gatk mutect2 force-calling. This would allow the user to provide a reference vcf of variants on which to force call mutations in the sample of interest.

Guide contributeur

Direction de recherche
Localisez la définition du processus Mutect2 dans le pipeline, ajoutez le paramètre alleles à la commande et mettez à jour les fichiers de configuration associés.
Stack technique
Aucun
Domaine
data
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Récente
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Nextflow
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
70