nf-core/sarek

Tutorial: CNV calling

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#1 713 ouverte le 30 oct. 2024

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Description

Topic

CNVs analysis using Sarek

Tasks to realise the tutorial

  1. identify appropriate software
  2. simulate CNV data (max size 100Mb each)
  3. prepare gitpod / codespaces environment and build code
  4. prepare theoretical intro
  5. write down hands-on tutorial

Guide contributeur

Direction de recherche
Suivez la liste des tâches : identifiez le logiciel approprié pour la détection des CNV, simulez les données CNV (max 100 Mo chacune), préparez l'environnement Gitpod/Codespaces et construisez le code, préparez une introduction théorique et rédigez un tutoriel pratique.
Stack technique
Aucun
Domaine
data
Type d'issue
Documentation
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
1
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
Une demi journée
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Récente
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Git
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
90