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OpenSourceBrain

12 dépôts indexés · Voir sur GitHub

IzhikevichModel
GitHub repository for an OSB project for model from http://izhikevich.org/publications/whichmod.htm

Jupyter Notebook · 25 étoiles
AllenInstituteNeuroML
Example files to test interaction between models developed at the Allen Brain Institute and NeuroML

HTML · 17 étoiles
Documentation
Updated documentation for the Open Source Brain platform using Jupyter Book

Python · 13 étoiles
osb-model-validation
Tools for automated model validation in OpenSourceBrain projects

XSLT · 9 étoiles
Brunel2000
Sparsely connected spiking neuron network from Brunel 2000

Python · 6 étoiles
ACnet2
Primary Auditory Cortex model by Dave Beeman

XSLT · 4 étoiles
PyNNShowcase
A repository for testing interactions/conversions between NeuroML & PyNN

Python · 4 étoiles
NetPyNEShowcase
NetPyNE & NeuroML interactions

Python · 4 étoiles
SolinasEtAl-GolgiCell
GitHub repository for an OSB project containing a cerebellar Golgi cell based on Solinas et al 2007

XSLT · 2 étoiles
VogelsSprekelerEtAl2011
Network from Vogels et al, Science 2011

Python · 1 étoile
NEURONShowcase
Examples of how to convert NEURON to & from NeuroML

NMODL · 1 étoile
HindmarshRose1984
HindmarshRose 1984 cell model

Python · 0 étoiles

Accessible aux débutants Tout

Ouverte Toutes

Remove pin on numpy once PyNN 0.12 used Ouverte

Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 72/100

OpenSourceBrain/Brunel2000#13 · Ouverte le 19/5/2026
Remove pin on numpy once PyNN 0.12 used Ouverte

Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 82/100

OpenSourceBrain/PyNNShowcase#12 · Ouverte le 19/5/2026
Check Netpyne step in Guided Tour Ouverte

T: bug

OpenSourceBrain/Documentation#49 · 1 personne assignée · Ouverte le 15/7/2025
Investigate handling of ExplicitInputs in the NetPyNE importer Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase#13 · Ouverte le 19/12/2024
Update autogen Ouverte

bug enhancement

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#119 · Ouverte le 11/4/2024
Document new git-sparse-checkout usage Ouverte

C: content T: enhancement V: OSBv2

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 30/100

OpenSourceBrain/Documentation#46 · Ouverte le 17/1/2024
Rename example from "Regular" to "Bursting" or "RegularBursting" Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/HindmarshRose1984#11 · 1 commentaire · Ouverte le 7/11/2023
Have a section saying "why not collab" or "why not binder"? Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/Documentation#35 · Ouverte le 15/7/2023
Make a new release Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/AllenInstituteNeuroML#52 · 1 réaction · Ouverte le 25/1/2023
Update CI to test different NEURON versions, and all available GH arches Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/NEURONShowcase#4 · Ouverte le 14/10/2022
parse mod channel files directly to neuroml Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 15/100

OpenSourceBrain/NEURONShowcase#2 · 2 commentaires · Ouverte le 25/8/2022
Why is the group apic used in the fitting data but not present in the cell? Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/AllenInstituteNeuroML#29 · 4 commentaires · Ouverte le 21/7/2022
Test pipeline NetPyNE-> NeuroML-> other simulators... Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase#2 · 2 réactions · Ouverte le 10/5/2022
Redo FAQ document Ouverte

C: content T: enhancement V: OSBv1 V: OSBv2

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/Documentation#16 · Ouverte le 24/1/2022
Add page on publication/citing OSB Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/Documentation#15 · Ouverte le 30/11/2021
Add omv tests on Octave, PyNN_Brian2, NEST on 3.9 (when working on GHA) Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/IzhikevichModel#12 · Ouverte le 29/11/2021
Add test on numba script Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/IzhikevichModel#11 · Ouverte le 29/11/2021
Add new page listing what standard libraries we include, and how to request others Ouverte

C: content P: low T: enhancement V: OSBv2

OpenSourceBrain/Documentation#11 · 3 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 26/10/2021
Set up custom CSS Ouverte

C: theme P: medium T: enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/Documentation#2 · 1 commentaire · Ouverte le 3/5/2021
Do not silently start downloading missing bits assuming installation in hard-coded default locations Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#74 · 2 commentaires · Ouverte le 20/1/2021
Adding license info Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/SolinasEtAl-GolgiCell#10 · Ouverte le 17/12/2018
Parsing included NML files Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/IzhikevichModel#8 · Ouverte le 11/11/2017
Recursive creation of directories when writing files Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/IzhikevichModel#7 · Ouverte le 10/11/2017
izhikevich2004.py failing with PyNN 0.9.0 & NEST 2.10.0 Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/IzhikevichModel#6 · 6 commentaires · Ouverte le 31/5/2017
Add metadata to detailed cell models Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

OpenSourceBrain/AllenInstituteNeuroML#5 · Ouverte le 20/12/2016
Finalise GLIFs Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/AllenInstituteNeuroML#4 · Ouverte le 10/5/2016
Why is external concentration of ca2 1mM not 2mM? Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/SolinasEtAl-GolgiCell#8 · 4 commentaires · Ouverte le 14/1/2016
architecture dependent backends Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#64 · Ouverte le 19/11/2015
Correct handling of seeds Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/Brunel2000#3 · Ouverte le 12/11/2015
Change TABLE settings for mod files to cover wider voltage range Ouverte

OpenSourceBrain/SolinasEtAl-GolgiCell#4 · 1 personne assignée · Ouverte le 27/10/2015
Compare mod channel implementations & NeuroML2 versions Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/SolinasEtAl-GolgiCell#3 · Ouverte le 26/10/2015
Check neuroConstruct project simulation configurations are producing figures Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/SolinasEtAl-GolgiCell#2 · Ouverte le 26/10/2015
Add more figures from paper to NEURON script Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/SolinasEtAl-GolgiCell#1 · 1 commentaire · Ouverte le 26/10/2015
Check why Ca_HVA mod file doesn't use Q10 scaling Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/AllenInstituteNeuroML#2 · Ouverte le 7/10/2015
"proper" rewrite Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#54 · Ouverte le 29/12/2014
add conda recipes for omv engines Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#53 · Ouverte le 29/12/2014
update schemas and implement omt validation Ouverte

bug

OpenSourceBrain/osb-model-validation#42 · 1 personne assignée · Ouverte le 23/9/2014
serialize the tallyman Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#41 · Ouverte le 22/9/2014
Add documentation for mep / omt elements Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 38/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#28 · Ouverte le 18/6/2014
Create a libNeuroML based "pure NeuroML" script to create full 48x48 network Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/ACnet2#4 · Ouverte le 17/6/2014
Add a Jython based script to the nC project to recreate 48x48 network Ouverte

enhancement

OpenSourceBrain/ACnet2#3 · 1 personne assignée · Ouverte le 17/6/2014
Add Simulation configuration to neuroConstruct project with basic network settings Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/ACnet2#2 · 1 commentaire · Ouverte le 17/6/2014
Add support for querying info from NeuroML Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#27 · 1 commentaire · Ouverte le 17/6/2014
add support for tagged releases Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#22 · 1 commentaire · Ouverte le 3/6/2014
add engine version spec Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#7 · Ouverte le 28/4/2014
Add bound checks for activation variables, concentrations Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#6 · 2 commentaires · Ouverte le 28/4/2014
add frequency analyzer Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#4 · 1 commentaire · Ouverte le 23/4/2014
add unit parsing Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

OpenSourceBrain/osb-model-validation#3 · 1 commentaire · Ouverte le 23/4/2014
Make single value to scale population size Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

OpenSourceBrain/VogelsSprekelerEtAl2011#2 · Ouverte le 2/8/2013
Modify population specifications to define 8000 e & 2000 i Ouverte

OpenSourceBrain/VogelsSprekelerEtAl2011#1 · 2 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 2/8/2013

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