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Is there a way to get `cor` to work?

Ouverte
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Évaluation

Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Accessibilité débutants
42/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
r
Domaine
data

Piste de recherche

Commencez par reproduire l’erreur signalée cor(DelayedArray(x), DelayedArray(y)) et comparez-la aux exemples delayedCov fournis. Prenez comme référence le comportement de la corrélation de Pearson décrit dans l’issue et vérifiez que des entrées équivalentes de type matrice et DelayedArray produisent des résultats concordants sans l’erreur de type numérique.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

When I try cor, I get errors like Error in cor(DelayedArray(x), DelayedArray(y)) : 'x' must be numeric. Am I missing something simple?

If it's not implemented, I have a little function for this and I could send a pull request.

#' Drop-in replacement for cov or cor; tolerates DelayedArray input. Pearson correlation only. 
#'
delayedCov = function(x, y = x, do_cor = F){
  mux = colMeans(x)
  muy = colMeans(y)
  zx = sweep(x, 2, mux, "-")
  zy = sweep(y, 2, muy, "-")
  covxy = t(zx) %*% zy
  covxy = covxy / nrow(x)
  if(do_cor){
    sx = sqrt(colMeans(zx^2))
    sy = sqrt(colMeans(zy^2))
    covxy = Matrix::Diagonal(x = 1/sx) %*% covxy %*% Matrix::Diagonal(x = 1/sy)
  }
  covxy
}
# tests
x = matrix(rnorm(1000), ncol = 10)
y = matrix(rnorm(1000), ncol = 10)
plot(delayedCov(x, y),  cov(x, y)); abline(a = 0, b = 1)
plot(delayedCov(x, y, do_cor = T),  cor(x, y)); abline(a = 0, b = 1)
plot(delayedCov(DelayedArray(x), DelayedArray(y), do_cor = T),  cor(x, y)); abline(a = 0, b = 1)
Langage dominant
R
Étoiles
29
Forks
12
Aucune PR mergée en 30 j

Guide de contribution

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