Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Is there a way to get `cor` to work?

Đang mở
#90 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
42/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách tái hiện lỗi cor(DelayedArray(x), DelayedArray(y)) đã được báo cáo và so sánh lỗi này với các ví dụ delayedCov được cung cấp. Sử dụng hành vi tương quan Pearson được mô tả trong issue làm mục tiêu, đồng thời xác minh rằng các đầu vào ma trận và DelayedArray tương đương tạo ra các kết quả khớp nhau mà không gặp lỗi kiểu số.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

When I try cor, I get errors like Error in cor(DelayedArray(x), DelayedArray(y)) : 'x' must be numeric. Am I missing something simple?

If it's not implemented, I have a little function for this and I could send a pull request.

#' Drop-in replacement for cov or cor; tolerates DelayedArray input. Pearson correlation only. 
#'
delayedCov = function(x, y = x, do_cor = F){
  mux = colMeans(x)
  muy = colMeans(y)
  zx = sweep(x, 2, mux, "-")
  zy = sweep(y, 2, muy, "-")
  covxy = t(zx) %*% zy
  covxy = covxy / nrow(x)
  if(do_cor){
    sx = sqrt(colMeans(zx^2))
    sy = sqrt(colMeans(zy^2))
    covxy = Matrix::Diagonal(x = 1/sx) %*% covxy %*% Matrix::Diagonal(x = 1/sy)
  }
  covxy
}
# tests
x = matrix(rnorm(1000), ncol = 10)
y = matrix(rnorm(1000), ncol = 10)
plot(delayedCov(x, y),  cov(x, y)); abline(a = 0, b = 1)
plot(delayedCov(x, y, do_cor = T),  cor(x, y)); abline(a = 0, b = 1)
plot(delayedCov(DelayedArray(x), DelayedArray(y), do_cor = T),  cor(x, y)); abline(a = 0, b = 1)
Ngôn ngữ chính
R
Star
29
Fork
12
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/DelayedArray

Tất cả issue của Bioconductor/DelayedArray

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.